Ferenc magyar királytól arra, hogy négyosztályos algimnáziumot létesítsen, amely végül 1817–1848 között működött a mai belváros Duna-parthoz közel eső részén, a Boldog Gizella Katolikus Általános Iskola helyén (Szabadság utca 2.). Miután megszűnt, a településnek majd egy évszázadon át nem volt középfokú oktatási intézménye. A város északnyugati részén álló ferences zárda szerzetesei 1929-ben vetették fel annak lehetőségét, hogy a közelben álló, elhanyagolt állapotú egykori püspöki rezidenciát ferences gimnázium céljaira vegyék használatba. Megfelelő anyagi eszközök azonban nem álltak rendelkezésükre, így a városvezetés Margitay Lajos polgármesterrel az élen átvette a kezdeményezést. Tervpályázatot tűztek ki a barokk épület átalakítására, és 1934-ben meg is indultak az építési munkálatok, de mielőtt még befejeződhettek volna, 1935. július 25-én a városi képviselőtestület határozatot hozott a Mohács Városi Gimnázium megalapításáról. Szeptember 21-én Kuzmics Ferenc igazgatósága alatt mindössze három tanárral felállt az első tantestület (Gaál Endre, Hites Ferenc, Simon Vendel), és az oktatás két osztállyal megindult. Az első tanév óráira még a közeli dobozgyár épületében került sor, mígnem 1936-ban elkészültek a püspöki kastély felújításával. A második tanévben már négy, az 1938/1939-es tanévben pedig már mind a nyolc évfolyamra jutott egy-egy osztály, s a tantestület is gyorsan gyarapodott (Környei Vilmos, Kövesi József, Bán Lajos, Erdőhelyi Kálmán, Mudrány István). A gimnázium belső udvara
Az első években reálgimnáziumi tantervet követtek az oktatómunkában, az 1941/1942-es tanévtől azonban már inkább a humaniórák tanítására helyezték a hangsúlyt. A második világháború végén a megszálló németek katonai célokra lefoglalták az épület egy részét, ami jelentősen megnehezítette a folyamatos tanítást. 1944. november 20-án, a közelgő Vörös Hadsereg árnyékában a német katonai parancsnokság elrendelte az iskola kiürítését és áttelepítését Tapolcára. A pár nappal később a városba érkezett szovjetek hadi kórházat alakítottak ki az iskola épületében, a városvezetés pedig felszólította a tantestületnek a városban maradt egyik tagját, Kövesi Józsefet, hogy rövid idő alatt szervezze újra az oktatómunkát. 1945. januárban részlegesen, márciusban pedig teljesen helyreállt a tanítás rendje, s a következő tanévtől immár leányokat is felvettek az intézménybe. Az 1946/1947-es tanévtől, az oktatási reform következményeként az intézmény alsó évfolyamait átvették az általános iskolák, a gimnázium pedig négy osztállyal folytatta a középfokú oktatást. Ugyanebben az évben alakult meg az iskolában a Dózsa György Népi Kollégium, amely a politikai és társadalmi életbe vonta be a diákságot. 1947 őszén a gimnázium felvette Kisfaludy Károly nevét, 1948 nyarán, az államosítást követően pedig állami gimnázium lett.
1963–1970 között az iskola tanterve szakközépiskolai profillal is kibővült, amikor osztályt indítottak növénytermesztési gépészek számára, de különféle tagozatokat is szerveztek: 1958-tól orosz nyelvi, 1964-től fizikai-kémiai, 1973-tól német nyelvi osztályok indultak, de ezeket 1982-ben megszüntették. 1977 februárjában rendezték meg az első, később hagyománnyá váló Kisfaludy-napokat. A magyar és a francia állam között kötött oktatási szerződés értelmében, francia támogatással 1987-ben indult meg az intézményben az ország első és egyetlen, vidéki tanulók számára indított francia két tannyelvű oktatás (ugyanebben az évben indult el a budapesti francia két tannyelvű tagozat is a Kölcsey Ferenc Gimnáziumban fővárosi diákok számára). Az évfolyamonként egy osztállyal indított tagozat ötéves volt: az első esztendőben anyanyelvi (francia, belga) tanárok és emelt nyelvi óraszám segítségével a nyelvet tanulták a diákok, az azt követő négy évben pedig a magyar gimnáziumi tananyagot oktatták francia nyelven. Egy évtized elteltével a két tannyelvű tagozat nem váltotta be a hozzá fűzött reményeket, s a 2000-es években megszűnt.
