Semmelweis Egyetem - Bioinformatika Tanszék

⏰ A daganatos szövetminták feldolgozásának egyik legfontosabb lépése a patológiai mintavétel megfelelő időzítése.

🧬 Az OnkoBankos mintagyűjtés folyamán a minták még a formalinba helyezés előtt kerülnek a patológiára – ennek döntő jelentősége van a későbbi molekuláris vizsgálatok szempontjából. A formalinfixálás ugyan elengedhetetlen a rutin szövettani diagnosztikához, azonban jelentősen roncsolja a nukleinsavakat, különösen az RNS-t. Ha a minta először formalinba kerülne, az RNS-alapú vizsgálatok – például génexpressziós elemzések – megbízhatósága súlyosan romlana, vagy akár lehetetlenné is válna.

🔬 A minták patológiára történő beérkezésekor a patológus első lépésként makroszkóposan megvizsgálja a szövetet, majd célzottan kivág számunkra egy megfelelő részt kutatási célokra. Az OnkoBankos mintakimetszés nem sértheti a rutin diagnosztikát, így nem minden patológiára kerülő szövet alkalmas a beonkobankolásra.

🧪A kivágott rész azonnal kriocsőbe, majd pedig hűtőtáskába/ folyékony nitrogénes kannába kerül, így érkezik be hozzánk a szövetminta. Optimális esetben egy betegtől több mintát is lefagyasztunk, így azok később sokoldalúan felhasználhatóak lesznek kutatási célokra. Amennyiben lehetséges, tumormentes normál szövetet is teszünk el kontrollnak.

(Kép: Dr. Budai András patológus, egyetemi adjunktus)

🔥 A századik tudományos hivatkozást érte el a MetaAnalysisOnline egy éven belül!

A Dr. Fekete János Tibor és tanszékünk további munkatársai által fejlesztett bioinformatikai szemléletű, webalapú eszköz rövid idő alatt kiemelkedő nemzetközi visszhangot váltott ki.

📈 A platform célja az volt, hogy a metaanalízisekhez szükséges adatokat egy statisztikailag korrekt összképpé vonja össze. Mindezt webes felületen, telepítés nélkül.

A többféle adattípust is támogató eszköz elsősorban fixed- és random-effects modelleket számol különböző becslési eljárásokkal, forest- és funnel-, valamint z-score plotokat generál, illetve segít a heterogenitás vizsgálatban és a publikációs torzítás vizualizációjában is.

A metaanalysisonline.com , amennyiben pontos adataink vannak, praktikus eszköz lehet egy biológiai vagy klinikai kérdés megválaszolásához.

(Fotó: Dr. Fekete János Tibor)

🎄🎉✨ Áldott, békés karácsonyi ünnepeket és eredményekben gazdag, sikeres új esztendőt kívánunk minden kedves kollégánknak!

Ezúton is köszönjük az egész éves közös munkát és az elkötelezett szakmai együttműködést! 🙏

📌 Rekord számú hallgató vett részt az idei Klinikai Bioinformatika kurzuson

👩‍🏫 A képzés átfogó bevezetést ad a bioinformatika alapelveibe, valamint a klinikai genomika és proteomika gyakorlati alkalmazásaiba. Bemutatja a mesterséges intelligencián és gépi tanuláson alapuló analitikai módszereket, és kiemelt hangsúlyt fektet a statisztikai modellezésre, a prediktív analitikára, valamint a nagyméretű genomikai és transzkriptomikai adatok feldolgozásának gyakorlati kérdéseire.

💻 A kurzus elméleti és gyakorlati modulokból épül fel. A gyakorlati szakaszokban a résztvevők különféle adatelemzési és modellezési eszközöket próbálhatnak ki valós kutatási példákon, így közvetlenül látják, hogyan alkalmazhatók ezek az orvosbiológiai és transzlációs kutatásokban.

Az óra így nem csak elméleti tudást, hanem a kutatásban azonnal hasznosítható, gyakorlati készségeket is ad a tanulóknak.

📌 Megérkezett hozzánk a 3000. beteg mintája! Ezzel az OnkoBank hazánk egyik legnagyobb onkológiai mintagyűjteményévé vált.

🧬 Folyamatosan bővülő adatbázisunk a daganatos betegségekkel kapcsolatos kutatásaink alapját képezi, ezáltal egyedülálló lehetőséget teremtve a magyar népesség genomikai, transzkriptomikai és proteomikai vizsgálataihoz.

🙏 Köszönet illeti az együttműködő klinikák munkatársait, valamint minden résztvevőt, akik hozzájárultak ehhez a kiemelkedő eredményhez.

(Kép: Karadocsev Éva - OnkoBank asszisztens, PhD hallgató)

🏆🔥 Nagy örömmel gratulálunk Dr. Menyhart Otíliának, Dr. Kothalawala Williamnek és Prof. Dr. Győrffy Balázsnak, hogy a CancerHallmarks elemzésről szóló cikkük a Web of Science adatbázisában Highly Cited Paper és Hot Paper minősítést kapott!

Az "A gene set enrichment analysis for cancer hallmarks" névre hallgató, 2024-ben a Journal of Pharmaceutical Analysis-ben megjelent tanulmányukban azt foglalják össze, hogyan hozták létre a Cancer Hallmarks konszenzus génlistát. Utóbbi 6763 gént foglal magában tíz, a daganatok alapvető biológiai jellemzőihez kapcsolódó kategóriában.

A szerzők hét különböző forrás integrálásával egységesítették a korábban széttagolt „cancer hallmark” génadatbázisokat, és kimutatták, hogy egyes daganattípusok jellegzetes „hallmark-ujjlenyomatot” mutatnak.

📈 Az elemzéshez egy nyilvánosan elérhető online eszközt is létrehoztak, amely lehetővé teszi új génlisták hallmark-alapú funkcionális értelmezését és vizuális megjelenítését.

Ez az alábbi linken érhető el:
CancerHallmarks.com

📌 Új munkatárssal bővült tanszékünk – üdvözöljük Czigeldrom-Korom Juditot!

Judit a Szegedi Tudományegyetem Természettudományi és Informatikai Karán végzett 2025-ben vegyész mesterszakon. Tanulmányai alatt laboratóriumi asszisztensként dolgozott, ahol elsősorban biológiai minták vizsgálatával foglalkozott steril környezetben.

Végzését követően a Szegedi Tudományegyetem Fizikai Kémiai és Anyagtudományi Tanszékén folytatta munkáját, ahol kísérleti napelem alapanyagok spektroelektrokémiai tulajdonságait kutatta.

🔬 Judit a Semmelweis Onkobankhoz kutatási asszisztensként csatlakozott. Feladatai közé tartozik majd a beérkező minták digitális dokumentációja, valamint azok izolálása és a kapcsolódó laboratóriumi feladatok lebonyolítása.

🤝 Üdv a csapatban, Judit, és minden jót a munkához!

🍏 A prevenció és a táplálkozás került nálunk az elmúlt hetek fókuszába

🩺 Letenyei Márta, tanszékünk koordinátora, részt vett az idei Primer Prevenciós Fórumon (PPF), amely idén ünnepelte fennállásának 30. évfordulóját. A jubileumi kongresszus fordulópontot jelentett a Fórum történetében: a Semmelweis Egyetem támogatásával és hallgatóinak bevonásával a prevenciós szemlélet a jövő egészségügyi szakembereinek képzésében is egyre hangsúlyosabb szerepet kap.

Az idei esemény tematikája az elsődleges megelőzés különböző területeit ölelte fel: munkahelyi ártalmak kezelése, az elhízás, a stressz és a környezeti hatások egészségre gyakorolt befolyása, valamint a daganatos betegségek korai felismerésének és prevenciójának témaköre is szerepet kapott benne.

🥗 Ezzel párhuzamosan, PhD-hallgatónk, Karadocsev Éva, részt vett az idei Táplálkozástudományi Vándorgyűlésen, amely a gyermek- és felnőttkori egészség, az élelmiszerekben található káros anyagok, az élelmiszertechnológiai fejlesztések, valamint a fogyasztói attitűdök táplálkozással kapcsolatos kérdéseit járta körül.

A rendezvény betekintést nyújtott a táplálkozástudomány legújabb kutatási irányaiba és az egészségtudatos életmód támogatásának lehetőségeibe is.

📌 Szeptemberben sor került a tanév első kutatói értekezletére is, amelyen kollégáink és PhD-hallgatóink számoltak be legfrissebb eredményeikről.

A megbeszélés során szó esett:

✅ olyan biológiai folyamatokról, amelyek a daganatok kialakulásában játszhatnak szerepet
✅ vírusok és rosszindulatú betegségek közötti összefüggésekről
✅ korszerű adatkezelési módszerekről

📊 Emellett bemutatásra kerültek a nemzetközi tudománymetriai platform idei fejlesztései is.

Hamarosan újra találkozunk!

📌 Tanszékünk végzős PhD-hallgatója, Kovács Szonja Anna, sikeresen megvédte ‘Investigation of immune checkpoint inhibitor biomarkers in solid tumors’ című doktori értekezését. A bizottság döntése alapján a védés eredménye: summa cm laude.

👏 Szonja ezzel PhD tanulmányai végéhez ért, gratulálunk neki az évek során nyújtott kiemelkedő teljesítményéhez, és a tudományos pályáján elért fontos mérföldkőhöz is!

Sok sikert, Szonja! 🍀🍀🍀