Hrvatski studiji Sveučilišta u Zagrebu pokrenuti su i ustrojeni 16. studenoga 1992., isprva samo kao dvosemestralni Sveučilišni komparativni studij hrvatske filozofije i društva. Taj je program potom preoblikovan u program redovitog četverogodišnjeg studija, kojemu su, zbog određenih sadržajnih srodnosti i radi obogaćenja studijske ponude, pridodani studijski programi filozofije i religijske kulture Filozofskog fakulteta Družbe Isusove. Prva faza u ustrojavanju Hrvatskih studija, proces njihova znanstveno-nastavnog legitimiranja i sveučilišnog integriranja, okončana je prihvaćanjem njihova nastavnog plana i programa na sjednici Znanstveno-nastavnog vijeća Sveučilišta u Zagrebu 28. rujna 1993. Upravno vijeće Sveučilišta u Zagrebu temeljem odredaba Zakona o visokim učilištima i Statuta Sveučilišta u Zagrebu 24. studenoga 1995. donijelo je Pravilnik o ustroju i djelovanju Hrvatskih studija Sveučilišta u Zagrebu, temeljem kojega su Hrvatski studiji ustrojeni kao sveučilišni centar sa statusom podružnice Sveučilišta u Zagrebu. Na toj su se pravnoj osnovi 16. siječnja 1996. Hrvatski studiji registrirali pri Trgovačkom sudu u Zagrebu. Time je okončana druga faza u razvoju Hrvatskih studija, proces reguliranja njihova pravnog statusa i ustroja, tijekom kojega su Hrvatski studiji iz samo funkcionalne prerasli u ustrojbenu jedinicu Sveučilišta u Zagrebu, sa svojim vlastitim funkcionalnim i ustrojbenim elementima. Odlukom Senata Sveučilišta 27. veljače 1996. utvrđeni su stručni nazivi koji se stječu završetkom studiranja na Hrvatskim studijima: na studijskom programu Croaticum stručni naziv „kroatolog“ ili „profesor hrvatske kulture“, na studijskom programu Filozofija „diplomirani filozof“ ili „profesor filozofije“, na studijskom programu Društvo „diplomirani sociolog“ ili „profesor sociologije“, a na studijskom programu Religijska kultura „diplomirani religiolog“ ili „profesor religijske kulture“. Ta treća faza, faza daljnje diversifikacije i utvrđivanja studijskih programa te proširenja studijske ponude, nastavlja se i intenzivira odlukom Privremenog stručnog vijeća Hrvatskih studija, konstituiranoga 9. svibnja 1996., o pokretanju postupka prihvaćanja četverogodišnjih dodiplomskih studijskih programa Filozofija, Hrvatska kultura, Novinarstvo, Povijest, Sociologija, kao i Filozofija i Religijska kultura pri Filozofskom fakultetu Družbe Isusove, sukladno odredbama Zakona o visokim učilištima. Senat Sveučilišta u Zagrebu 17. rujna 1996. donio je odluku o prihvaćanju predloženih studijskih programa. Tijekom 1997. prihvaćen je i program četverogodišnjeg dodiplomskog studija psihologije, a u akademskoj godini 1998./99. odobrene su i upisne kvote za upis prve generacije studenata psihologije. Natječajem za izbor nastavnika izabrano je i 1. srpnja 1997. konstituirano Stručno vijeće Hrvatskih studija, koje je odlukom ministra znanosti i tehnologije i ovlašteno provoditi izbore u znanstveno-nastavna zvanja u područjima u kojima ispunjava uvjete. Ugovorom između Sveučilišta u Zagrebu i Filozofskog fakulteta Družbe Isusove, potpisanome 16. listopada 1997., Filozofski fakultet Družbe Isusove obvezuje se na dugoročnu suradnju u izvođenju studijskih programa filozofije i religijske kulture u okviru Hrvatskih studija. Slijedom tog Ugovora, nastavnici Filozofskog fakulteta Družbe Isusove, uz očuvanje autonomije u imenovanju i opozivu svojih nastavnika, biraju se u znanstveno-nastavna zvanja te djeluju i kao nastavnici Sveučilišta u Zagrebu, zaposleni na radnim mjestima na Hrvatskim studijima. Senat Sveučilišta u Zagrebu, temeljem odredaba Zakona o visokim učilištima i Statuta Sveučilišta u Zagrebu, 24. donio je Pravilnik o ustroju i djelovanju Hrvatskih studija. Prijedlogom Pravilnika o unutarnjem ustroju i o ustroju radnih mjesta (2008.), odnosno Odlukom o ustroju i djelovanju odjela Hrvatskih studija (2009.), koju je donijelo Znanstveno-nastavno vijeće Hrvatskih studija, znanstveno-nastavna i znanstvenoistraživačka djelatnost Hrvatskih studija odvija se unutar devet odjela: Odjela za edukacijske znanosti i izobrazbu nastavnika, Odjela za filozofiju, Odjela za filozofiju i religijske znanosti (koji čine nastavnici s Filozofskog fakulteta Družbe Isusove), Odjela za hrvatski latinitet, Odjela za komunikologiju, Odjela za kroatologiju, Odjela za povijest, Odjela za psihologiju i Odjela za psihologiju. Hrvatski studiji djeluju na znanstveno-nastavnom i stručnom povezivanju kroatističkih i kroatoloških sveučilišnih studija u Hrvatskoj i inozemstvu, njihovu koordiniranju i ustrojavanju te na unaprjeđenju kroatološke struke. Time Hrvatski studiji usklađuju djelatnosti Sveučilišta u Zagrebu vezane uz znanstvenoistraživačko proučavanje i afirmaciju hrvatske kulture u zemlji i svijetu.
