Predstavlja znanstvenu jedinicu Akademije (HAZU) Glavna je djelatnost Zavoda izučavanje povijesti Dubrovnika i Dubrovačke Republike. Specifičnost geopolitičkog položaja i državnog ustroja Dubrovačke Republike uočili su već suvremenici npr. Machiavelli (Niccolò Machiavelli, Discorsi sopra la prima Deca di Tito Livio, I, 1.), Montesquieu (Montesquieu, De l’esprit des lois, II, 3, 14.) i dr. Danas se, s britanskim povjesničarem R. Harrisom, može ocijeniti da je Dubrovačka Republika “... imala je prepoznatljiv društveni, gospodarski, vjerski, kulturni i politički identitet tijekom nekih šest stoljeća... Dapače, u svojem zlatnom razdoblju, Republika je nadaleko imala utjecaj koji inače ne bi imala sukladno svojoj veličini ili moći. To je značenje potjecalo iz strateške važnosti Dubrovnika, koji se nalazio na križanju puteva Mediteranskog bazena i Balkana, kršćanstva i islama, Istoka i Zapada. To značenje odražavalo je pomorsku spremnost Republike i njezino veliko trgovačko bogatstvo. A povećavala ga je sofisticirana i oštroumna međunarodna diplomacija Dubrovčana. Naposljetku, značenje se manifestiralo u bogatim kulturnim dostignućima jedinstvenim za Hrvatsku, za širi slavenski svijet i povremeno, za Evropu kao cjelinu.” (Robin Harris. Povijest Dubrovnika. Zagreb: Golden marketing - Tehnička knjiga, 2006: 14). Istraživači Zavoda sustavno istražuju i objavljuju rezultate znanstvenog rada na gradivu Dubrovačkog arhiva te drugih arhiva i knjižnica. Važnost ovog arhiva najbolje se može ilustrirati riječima Fernanda Braudela: »Dubrovački arhiv je nadaleko... najvredniji za naše poznavanje Mediterana«. Zavod objavljuje časopise Anali (na hrvatskome) i Dubrovnik Annals (na engleskom jeziku). Izdanju građe namijenjena je serija Monumeta historica Ragusina. Knjige su uvrštene u tri glavne serije: Monografije, Prilozi demografskoj povijesti Dubrovnika i okolice i Studies in the History of Dubrovnik (na engleskome). Zavod je smješten u ljetnikovcu aristokratske dubrovačke obitelji Sorgo na Lapadu iz 16. stoljeća, nedavno restauriranom. Bogata knjižnica sadrži gotovo sva važnija djela o povijesti Dubrovnika, mnoga stara izdanja te dragocjene zbirke rukopisa i arhivskih dokumenata (Zbirka Iva Bizzara, Arhiv Petra Hektorovića itd.). U okviru Zavoda za povijesne znanosti u Dubrovniku djeluje i Zbirka Balda Bogišića u Cavtatu .
