Το πρώτο σχολείο μέσης εκπαίδευσης στο Δήμο Ζωγράφου λειτούργησε ως παράρτημα του 1ου Γυμνασίου Αμπελοκήπων και αργότερα ως εξατάξιο Γυμνάσιο Αρρένων Ζωγράφου. Μεταγενέστερα λειτούργησε στον ίδιο χώρο και το Γυμνάσιο Θηλέων Ζωγράφου ως παράρτημα του Γυμνασίου Θηλέων Χολαργού. Αρχικά τα σχολεία στεγάζονταν στα κτήρια του Άγιου Θεράποντα και λειτουργούσαν το Αρρένων το πρωί και το Θηλέων το απόγευ
μα. Με το Β.Δ. υπ' αριθμ. 417, ΦΕΚ 114, τευχ. Γ΄, 10/07/1972 το εξατάξιο Γυμνάσιο Αρρένων Ζωγράφου μετονομάζεται σε 1ο Γυμνάσιο Ζωγράφου και ταυτόχρονα ιδρύεται το 2ο εξατάξιο Γυμνάσιο Αρρένων Ζωγράφου.
Με το ίδιο Β.Δ. το εξατάξιο γυμνάσιο Θηλέων Ζωγράφου μετονομάζεται σε 1ο Γυμνάσιο Θηλέων Ζωγράφου και δημιουργείται το 2ο εξατάξιο Γυμνάσιο Θηλέων Ζωγράφου. Την ίδια σχολική χρονιά μεταστεγάστηκε στο σημερινό κτήριο επί της οδού Κρίνων 26 το 1ο εξατάξιο Γυμνάσιο Αρρένων Ζωγράφου και άρχισε την λειτουργία του στον ίδιο χώρο το 2o εξατάξιο Γυμνάσιο Αρρένων Ζωγράφου. Στα εξατάξια γυμνάσια αρρένων εκείνη την εποχή φοιτούσαν και μερικά κορίτσια αλλά μόνο στα πρακτικά τμήματα. Από το 1976 με το Ν 309/1976 (ΦΕΚ Α΄/100) δημιουργούνται τα τριτάξια Γυμνάσια και τριτάξια Λύκεια και τα σχολεία διαχωρίζονται σε 1ο Γυμνάσιο Αρρένων και 1ο Λύκειο Αρρένων και αντίστοιχα 2ο Γυμνάσιο Αρρένων και 2ο Λύκειο Αρρένων.
Από το σχ. έτος 1979-1980, με την απόφαση Δ/28516 του ΥΠΕΠΘ,(ΦΕΚ 714/79, τ. Α΄) για την μετατροπή των Σχολείων της Μ.Ε.(Μέσης Εκπαίδευσης, τότε) από Αρρένων και Θηλέων σε μικτά, τα σχολεία αρχίζουν να λειτουργούν ως μικτά.
Από το σχολικό έτος 2009-2010 το 1ο τριτάξιο Γυμνάσιο Ζωγράφου και το 2ο τριτάξιο Γυμνάσιο Ζωγράφου συγχωνεύονται σε 1ο Γυμνάσιο Ζωγράφου με την απόφαση υπ' αριθμ. 31436/Δ4, ΦΕΚ 629, 3/04/2009, τευχ. Β΄ και το σχολείο παίρνει τη μορφή με την οποία λειτουργεί σήμερα.
