Το 1ο Γυμνάσιο Ρεθύμνου είναι το πιο παλιό γυμνάσιο του νομού. Η πρώτη λειτουργία του ανάγεται το έτος 1899. Από τότε έχουμε αρχεία του σχολείου. Πρώτος Διευθυντής του, μέχρι το έτος 1907, υπήρξε ο αείμνηστος λόγιος και συγγραφέας Εμμανουήλ Γ. Γενεράλης. Από το 1908 μέχρι το 1912 – αλλά και κατά τα σχολικά έτη 1915-16 και από το 1921 μέχρι το 1926 – στη Διεύθυνση του 1ου Γυμνασίου βρίσκεται ένας
άλλος μεγάλος λόγιος του τόπου, ο Μιχαήλ Γ. Πρεβελάκης, ενώ κατά τα έτη 1959-1964 τη Διεύθυνση του 1ου Γυμνασίου αναλαμβάνει ο λαμπρός Κρητολόγος Ελευθ. Κ. Πλατάκης. Να σημειώσουμε, ακόμα, ότι κατά το σχολικό έτος 1933-34 στο 1ο Γυμνάσιο υπηρετεί και η γνωστή μας πεζογράφος Λιλίκα Νάκου («Κυρία Ντορεμί»), ως καθηγήτρια της Μουσικής και των Γαλλικών. (Περισσότερα στοιχεία για την ιστορία του 1ου Γυμνασίου βλ. στο βιβλίο μας: «Γλυπτά και Ενεπίγραφες πλάκες του Ρεθύμνου», Ρέθυμνο 2000, σελ. 169-172).
Τα περισσότερα χρόνια λειτουργίας του το 1ο Γυμνάσιο στεγαζόταν στο κτίριο που βρίσκεται στη συμβολή των οδών Μοάτσου και Κονδυλάκη (σήμερα στεγάζεται το 1ο Ενιαίο Λύκειο και το Πειραματικό Λύκειο). Το σχολικό έτος 1986-82 μεταφέρθηκε στο σημερινό κτίριό του στον λόφο του Τιμίου Σταυρού (πρώην οικοτροφείο ΧΕΝ). Το νέο αυτό κτίριο διαθέτει 26 αίθουσες. Από αυτές οι 19 είναι αίθουσες διδασκαλίας. Το σχολείο διαθέτει, επίσης, αίθουσα τεχνολογίας, Η/Υ, μουσικής, καλλιτεχνικών, βιβλιοθήκης, εργαστήρια φυσικής και χημείας, αίθουσα του προγράμματος «Μνηστήρων», κλειστό γυμναστήριο – αίθουσα πολλαπλών χρήσεων, καθώς και γήπεδα μπάσκετ και βόλεϊ.
Το 1ο Γυμνάσιο Ρεθύμνου είναι ένα σχολείο ανοικτό στην κοινωνία. Σ’ αυτό εκπονούνται πολλά προγράμματα καινοτόμων δράσεων (Περιβαλλοντικής Εκπαίδευσης, Αγωγής Υγείας, Καλλιτεχνικών θεμάτων, Ολυμπιακής Παιδείας) που συνδυάζονται με εκπαιδευτικές επισκέψεις σε διάφορες περιοχές της Ελλάδας.
Το 1ο, όμως, Γυμνάσιο έχει ανοίξει τα φτερά του και στην Ευρώπη. Έχουμε συνεργαστεί με διάφορα σχολεία του εξωτερικού, είτε στα πλαίσια των ευρωπαϊκών προγραμμάτων ανταλλαγής μαθητών, είτε κάνοντας κοινές εργασίες (όπως π.χ. το πρόγραμμα SEMEΡ, που συνεργαστήκαμε με σχολεία 17 χωρών της Ν.Α. Μεσογείου.
Είμαστε το πρώτο γυμνάσιο στην Ελλάδα που άνοιξε το δρόμο της ανταλλαγής μαθητών και φτάσαμε μέχρι τον Βόρειο Πολικό Κύκλο (Λαπωνία, Φιλανδία).
Ενδεικτικά μερικές εργασίες μας είναι:
α) Ο Λόφος του Τιμίου Σταυρού της πόλης χθες και σήμερα (εκδόθηκε σε βιβλίο το 1994).
β) Από την ιστορία του 1ου Γυμνασίου και του 1ου Λυκείου Ρεθύμνου (εκδόθηκε σε βιβλίο το 1997).
γ) Γλυπτά και ενεπίγραφες πλάκες του Ρεθύμνου (εκδόθηκε σε βιβλίο το 2000).
δ) Ποιότητα πηγαίων και υπογείων νερών από τα οποία υδρεύεται το Ρέθυμνο.
ε) Το φυσικό φαινόμενο των πυρκαγιών.
στ) Σεισμός ένα φυσικό φαινόμενο.
ζ) Μοναστήρια στο νομό Ρεθύμνου.
η) Το γέλιο στη ζωή μας.
θ) Το Ρέθυμνο μέσα από τα κείμενα του Παντελή Πρεβελάκη.
ι) Μαθήματα βιολογίας μέσα από μία θεατρική παράσταση.
