Bioinformatics Center at Faculty of Science, Helwan University

بدعوة كريمة من المنتدي العلمي للتصنيف و الوراثة, أتشرف بإلقاء محاضرة تعريفية عن المعلوماتية الحيوية و مرحلة ما بعد الجينوم
و الله الموفق و المستعان

Bioinformatics center, faculty of science, Helwan University and molecular biotechnology program in collaboration with center of services had completed a Bioinformatics training course entitle "Next Generation Sequencing" that had been held at 29-30 August 2022, at Bioinformatics center Helwan University

نظرا للأقبال الكبير علي التسجيل لورشة عمل المعلوماتية الحيويه (NGS Data Analysis) - ندعو جميع السادة المسجلين للدورة التدريبيةإلي لقاء تحضيري عبر تطبيق زووم الساعة 8 مساء يوم الأحد 28/8/2022

Topic: Bioinformatics Training preparations
Time: Aug 28, 2022 08:00 PM Cairo

Join Zoom Meeting
https://us05web.zoom.us/j/88352559916?pwd=dE5NYVhybUtjNkYwUS9lTWNabVY0QT09

Meeting ID: 883 5255 9916
Passcode: WeWEU3

https://forms.gle/s6uQqLSTuq9BqkEL7
لينك التسجيل❤️

تشرف مركز المعلوماتية الحيوية بكلية العلوم جامعة حلوان باستقبال براعم وازهار متفتحة من جامعة الطفل والتى تهدف الى تعليم أطفال المدارس وتدريبهم على التفكير العلمى والنقدى والإبداع والتشكيك وحل المشكلات.
وقد تم ايضاح معنى المعلوماتية الحيوية للاطفال وشرح بعض المفاهيم الاساسية المتعلقة بهذا المجال
وذلك تحت اشراف مؤسس مركز المعلوماتية الحيوية/
دكتور ايهاب عبد الرؤوف

The Bioinformatics Center at Helwan University, had conducted a training entitled "Structure-Based Drug Discovery" for Molecular Biotechnology students, at Faculty of Science Helwan University.

Trainers: Dr. Ehab Abdelraouf Essawy, Lecturer of Biochemistry and Molecular Biology & Director of Bioinformatics Center.
Dr.Ahmred Hassan, Lecturer of Microbiology and Senior Researcher at Bioinformatics Center.

The training had been organized by
Dr. Manar Fouda.,program Co-ordinator.
Under patronage of
Prof.Emad Abuldahab. Dean of Faculty of Science And Prof. Mona Abdelrahman, Vice Dean for Students Affairs

من كام يوم كده كنا قولنا اننا هنتكلم عن ال BLAST بنوع من التفصيل وده عشان نحافظ على علاقتك باللى حواليك 😂❤

فايه هو ال BLAST بقى هو ال Basic Local Alignment Search Tool
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) is one of the most commonly used tools to search for sequences that are similar to each other.

او يعنى ده من اشهر ال tools اللى بتعملنا alignment وده اتكلمنا عنه البوست اللى فات ❤️
ف انا كده اقدر اعرف التشابه بكل سهولة واعرف نسبته كمان وبالتالى اقدر احدد ال relation بين الحاجة اللى فى السؤال بتاعى وبين ملايين الحاجات اللى موجودة ع ال databases

فدلوقتى بقى تعالى يا صديقى اخدك معايا فى جولة جوا ال BLAST عشان نكتشفه اكتر ونتعرف عليه❤
وعشان ندخل جوا ال BLAST محتاجين نعرف كام حاجة كده صغيرة😂 بص يا صديقى
There are different flavours of the BLAST programme depending on whether the query is a nucleotide or a protein sequence and also depending on the nature (nucleotide or protein) of the database we are searching in.
فاحنا كده محتاجين نعرف حاجتين
1- ال query اللى معانا nucleotide ولا protein
2- ال database اللى هندور فيها nucleotide ولا protein
وعشان كده هنتكلم عن اربع حاجات موجودين فى ال BLAST

اول حاجة BLASTn وده بنستخدمه If the query is a nucleotide sequence and we are searching for matches in a nucleotide database
يعنى لما كل حاجة معانا ومع ال DB اللى بندور فيها تكون nucleotide

تانى حاجة BLASTp وده بنستخدمه if the query is a protein sequence and we are looking for matches in a protein database
يعنى لما كل حاجة تكون protein

طيب لو ال query وال database مختلفين نعمل ايه👀👀
ده يوصلنا للحاجة التالتة والرابعة بس انت مستعجل يا صديقى😂

تالت حاجة ال tBLASTn وده بتسخدمه if you want to query a protein sequence to find the best matches in a nucleotide database
يعنى لما يكون معاك بروتين as a query وانت هتدور فى nucleotide database

رابع حاجة والاخيرة هى ال BLASTx وده بتسخدمه In the reverse scenario, when a nucleotide sequence is the query and you want to search a protein database
يعنى لما يكون معاك nucleotide وانت هتدور فى protien database

وبس كده يا صديقى خلصت جولتنا😂❤❤اى اسئلة احنا دايما هنا❤
❤

مساء الخير
=مساء النور
-ما تيجى نتناقش فى موضوع يهم الاهل والمجتمع والناس ونبقى من الاصحاب اللى عندها مواضيع تهمها وبتشغل بالها
=؟؟!!!
-اسمع منى انا هسألك وانت تجاوبنى
=انا مش فاهم حاجة بس معاك 😂
-طيب بص هو لو فى كائنين فى بينهم تشابه كبير وحاجات مشتركة كتير ده يبقى ايه؟
=يبقى ايه👀
-لا اشتغل معايا😂
=سورى كمل
-انا اقصد كائنين او اكتر بيشتركو فى صفات كتير وبالتالى عندهم نسبة تشابه عالية ده يبقى ايه؟
=يبقى ما بينهم similarity عالية
-انا بكلم Google translate ؟
=لا خالص
-انت قريب حمادة هلال؟
= لا برضو بتسأل ليه؟!!!
.........................................................................................

عشان ده ميحصلش معاك وتدخل انت وصاحبك فى تفاصيل تخسركو بعض احنا هنجاوبك ع الاسئلة دى😂❤

تعالى ناخد الموضوع واحدة واحدة
**ازاى نعرف ان فى تشابه بين كائنين
ببساطة بنعملهم حاجة اسمها alignment وال alignment معناه الحرفى هو
Arrangement in straight line or in correct relative position
وده برضو معناه فى ال bioinformatics فعشان كده بنعرف ال alignment in bioinformatics بانه
way of arranging the sequences of DNA, RNA, or protein to identify regions of similarity that may be a consequence of functional, structural, or evolutionary relationships between the sequences
يعنى بحط الكائنات دى تحت بعض بالطريقة اللى توصلنى لاعلى نسبة تشابه بينهم فاقدر اعرف ده بين كائنين مثلا او اكتر او حتى بين جينات او بين بروتينات وبكده اقدر اتوقع من ال similarity دى صفات مشتركة بين الكائنين مثلا
ومن اشهر ال tools اللى بنستخدمها عشان نعمل alignment هى ال Basic Local Alignment Search Tool او ال blast وده هنتكلم عنه بالتفصيل فى بوست تانى❤

نرجع تانى للسؤال
**بعد ما اعرف ال similarity هعمل ايه🤔
بص يا صديقى ده هيدخلنا فى علم كامل اسمه phylogenetic وده عبارة عن
Study of evolutionary relationships among biological entities - often species, individuals or genes (which may be referred to as taxa)
او يعنى باختصار كده علم بيدرس العلاقات بين الكائنات والعلم ده كله بيعتمد ع ال similarities & differences بين اى حاجة بيدرسها وطبعا ده بيفيدنا فى حاجات كتير جدا
والعلم ده بالتفصيل هنتكلم عنه برضو فى بوست لوحده❤
Stay tuned❤😉
لحد بقى ما نجيلك فى ال posts الجاية احتفظ بصحتك يا صديقى عشان ميحصلش معاك السيناريو اللى فوق ده😂❤

❤

نفترض انك وانت قاعد فى جلسة "التفكير فى المستقبل" و"امتى هبقى ايلون ماسك" سألت نفسك سؤال وقولت هو ايه الBioinformatics اللى قالب الكوكب ده؟!🤔
بص يا صديقى انا هقولك
ال Bioinformatics ده هو ال science of collecting and analysing complex biological data such as genetic codes
يعنى باختصار احنا بنجمع ونحلل كل المعلومات البيولوجية ومش بس كده ده كمان بي Involves algorithm , pipeline and software development and analysis, transfer and storage/database development of biological data
وليلة كبيرة اوى سعادتك😂
-ها؟!!!
هفهمك انا اقصد اننا بنستخدمله algorithms و software وبنعمل analysis بقى ونبدأ نطلع results ونحطها فى databases عشان نحفظها ونقدر بعد كده نرجع نستخدمها اى وقت نحبه

ااااااااه ايوة يعنى انا برضو استفدت ايه؟🌚
هقولك الBioinformatics دلوقتى بنقدر نعمل بيه حاجات كتير وبيدخل فى حاجات كتير جدا زى ال

Health Care

Drug Discovery

Forensic Analysis

Crop Improvement

Food Analysis

وغيرها كتير روح انت بس كمل قصة ايلون ماسك وانا هجيلك كل شوية عشان اعرفك حاجة مختلفة عن الbioinformatics😉

❤

مساء الخير يا صديقى❤
فى فترة من الفترات واحنا قاعدين لقينا ال bioinformatics حوالينا فى كل مكان محاوطنا ولقينا اسئلة واستفسارات كتيرة اوى حواليه فقررنا نعمل "Bioinformatics Planet" وهى دى الحاجة اللى هتجاوب على كل اسئلتنا
وعشان كده اى اسئلة بتدور فى دماغك عن ال bioinformatics اكتبهلنا فى ال comments واحنا هننقاشها معاك فى posts مختلفة جاية❤

حد يقولى بس انا مفيش فى دماغى اسئلة هل ده عادى؟😂
عادى طبعا يا صديقى احنا هنجبلك الاسئلة لحد عندك ونجاوبلك عليها كمان بس فرضا كان عندك اسئلة فاحنا هنا😂❤

Stay tuned❤

Mention your friends