Formar personas conscientes, competentes, compasivas y comprometidas llamadas a transformar el mundo y a contribuir activamente en la construcción de una sociedad reconciliada consigo misma, con los demás, con la naturaleza y con Dios. En el año 1959, la Compañía de Jesús fundó el Colegio San Luis Gonzaga, concretando así el anhelo de muchas personas que años antes, cuando se cumplió el cincuentenario del prodigio del 20 de abril, habían concebido la idea de crear una nueva institución con el propósito de rendir un tributo a la Virgen Dolorosa por el milagro con el que había distinguido a los estudiante y aulas del Colegio San Gabriel. Bajo la dirección del Padre Gonzalo Romero S.J., el Gonzaga comenzó a educar, en las mismas aulas centenarias junto a la Iglesia de la Compañía, donde desde la época de la colonia habían funcionado excelentes instituciones educativas regentadas por la congregación de Ignacio de Loyola. Al comienzo fue gratuito y su estudiantado selecto estaba conformado por jóvenes de escasos recursos pero de notable aptitud académica, además era el colegio de práctica docente de la Facultad de Ciencias de la Educación de la Pontificia Universidad Católica. Con el tiempo esa condición de gratuidad fue desapareciendo y fue perdiendo también el carácter de colegio de práctica docente para ganar en autonomía administrativa pero sin perder jamás su identidad de colegio jesuita. En 1997 pasó a formar parte de la Red de Colegios Jesuitas del Ecuador, hoy RUEI (Red de Unidades Educativas Ignacianas) y, como tal, se acoge a las directrices de la Compañía de Jesús: los postulados de la pedagogía ignaciana y los proyectos e innovaciones que se plantean dentro del sector educativo. En el año 2001 dejó las aulas del Centro Histórico y, tras un breve paso por las aulas del Colegio San Gabriel, en el que funcionó en jornada vespertina, se instaló en julio del 2004 en su propio campus situado en el barrio la Armenia del Valle de los Chillos, donde continúa sirviendo a la educación de la juventud ecuatoriana en un contexto de aprendizaje moderno, armónico y acogedor. Uno de los mayores hitos de su historia reciente lo señala el año lectivo 2011-2012, cuando se convirtió en Unidad Educativa al incorporar la sección de Primaria, y abrir sus puertas a niños y niñas desde los cinco años. Ese mismo año asumió la responsabilidad de ser colegio piloto para la implementación del Sistema de Calidad en la Gestión Escolar de FLACSI (Federación Latinoamericana de Colegios Jesuitas), el cual le ha ayudado a optimizar los procesos administrativos y organizacionales en función de los logros de aprendizajes de los estudiantes. Con este mismo ánimo, desde 2016, en acción conjunta con los otros cinco colegios de la RUEI, se encuentra implementando el proyecto INNOVACCIÓN XXI, le ha apostado a la transformación educativa que traerá nuevos horizontes y nuevas energías a todos quienes transitan las aulas del colegio para afrontar de mejor manera los retos de la educación actual y futura. Hasta el ciclo escolar 2018-2019, con cincuenta y nueve años de vida institucional, el Colegio San Luis Gonzaga ha entregado al país 54 promociones de bachilleres, hombres y mujeres con liderazgo de servicio que han contribuido al mejoramiento de la calidad de vida de su entorno; y, continúa formando personas conscientes, competentes, comprometidas y compasivas que dan sentido a la educación como el mejor recurso y medio para cambiar al ser humano y gracias a él, al mundo.
