El colegio fue fundado hace más de 50 años por los Padres Claretianos, operando primero en Urdesa y desde junio 21 de 1984 en su ubicación actual. Después de un cuidadoso análisis y selección que hicieran los Padres Claretianos, buscando a quienes podrían con mayor éxito continuar su labor educativa, se aceptó el reto y se compró el colegio y sus instalaciones. El 16 de mayo de 1986 comienza sus labores el nuevo Centro Educativo Espíritu Santo, integralmente renovado y reforzado en su parte académica, y los recursos didácticos indispensables para cumplir la misión de formar e informar. Nace Garabatos, con 28 alumnos, en Urdesa Central, sobre las calles Cedros, en la esquina de Víctor Emilio Estrada. Para efecto, al inicio de 1986, se construyó en tiempo récord (3 meses) el bloque de aulas que ocuparía la sección preescolar (Garabatos) y el edificio donde funcionaría la secundaria. Tras asimilar un cúmulo de experiencias, se resuelve hacer un cambio en el nombre de la institución, orientado a proyectar en su real dimensión la gestión educativa que se estaba fraguando. Surge de esta manera el Centro de Estudios Espíritu Santo (CEES). Con la idea fuerza de “crecer jugando y jugar creando” impulsa la formación preescolar que se centra en la motricidad, el lenguaje (verbal y no verbal) y la sociabilidad del infante, dentro de un ambiente propicio. Cuenta para el caso, con aulas especialmente diseñadas para el uso y disfrute de los infantes. Acogiendo la demanda de los padres de familia, se funda un nuevo nivel, inspirado en la misma filosofía educativa del CEES, pero orientado a formar exclusivamente a mujeres. Es por eso que, en abril de 1996, abre sus puertas el Femenino Espíritu Santo, que inicia sus actividades con 150 estudiantes. En la actualidad cuenta con más de 1000 alumnas, que aparte de cumplir con sus labores académicas específicas optimizan su tiempo y habilidades practicando deportes, aprendiendo inglés o francés como segundo idioma, participando en los clubes culturales o de arte.
