Den blev til ved en sammenlægning af de to gamle Holbækskoler, Søndre Skole og Slotsmarksskolen, der flyttede ind i en helt ny og moderne skolebygning i efteråret 2005. Ved sammenlægningen blev alle gamle strukturer brudt op, og en ny skole blev etablereten helt fra bunden. august 2012 blev en ny skolestruktur indført i Holbæk Kommune. Absalonskolen blev lagt sammen med Orø Skole, og skiftede here
fter navn til Isefjordskolen. august 2016 blev Holbæk Kommunes otte skoledistrikter lagt sammen til fire. Isefjordskolen blev lagt sammen med med Sofielundskolen, og afdelingen skiftede herefter navn til Afdeling Absalon. Afdeling Absalon danner ramme om ca. 700 elevers udvikling og skolegang fra 0.-9. klasse. Indtil sommeren 2007 var kommunens 10. kl. center med ca. 100 elever også tilknyttet skolen. Afdelingen rummer kommunens modtagelsesklasser, som giver skoletilbud til elever, der er kommet til landet for nylig og endnu ikke taler dansk. Afdelingens elever kommer fra blandede bebyggelser, og ca. 20% af skolens elever har en anden etnisk baggrund end dansk fordelt på 15-20 forskellige nationer rundt om i verden. Vores blandede børnegruppe er udgangspunkt for en fleksibel skole, hvor vi arbejder hårdt på at skabe tilbud og udfordringer til alle skolens børn. Afdeling Absalon er opdelt i 3 afdelinger: indskoling (0.-3. klasse), mellemtrin (4.-6.klasse) og overbygning (7.-9.klasse). I indskoling og på 4. klassetrin indgår undervisningsdel og fritidsdel i en helhed med fælles fokus. Hver afdeling fungerer som en ”selvstændig” enhed, hvor der er tilknyttet en medarbejdergruppe og en afdelingsledelse. Det betyder, at man som elev eller forældre vil opleve at være tilknyttet en meget mindre skole, hvor miljøet er overskueligt, og hvor lærere, pædagoger og elever kender hinanden.
