Jahrhundert bestand. 1602 beschloss der damalige Landesherr Heinrich Posthumus Reuß die Gründung des Gymnasium Rutheneum (der Name basiert auf der Latinisierung des Namens Reuß), das von 1605 bis 1608 erbaut und am 6. Jahrhundert vereinte es Trivialschul- und Gymnasialbildung unter einem Dach. Im 17. Jahrhundert war u. a. der Barockdichter Johann Sebastian Mitternacht Rektor des Rutheneums. 1683,
1782 und 1887 wurde das jeweilige Schulgebäude durch einen Neubau ersetzt.
1864 wurde die städtische Volksschule aus dem Gymnasium ausgegliedert und mit der Geraer Mädchenschule zur Gesamtstadtschule vereinigt, für die ein neues Gebäude auf dem Nicolaiberg errichtet wurde (Architekt: Landbaumeister Adolph Krug). Dieses gehört heute ebenfalls zum Goethe-Gymnasium.
1884 wurde das alte Schulgebäude auf dem Johannisplatz mit dem benachbarten Badertor abgerissen und durch den bis heute vorhandenen Neubau des Landbaumeisters Emil Weiß ersetzt.
949 wurde die Schule anlässlich des 200. Geburtstages des Dichters in Goethe-Schule umbenannt und war ab 1964 eine Erweiterte Oberschule. Nach der Wiedervereinigung wurde sie wieder in ein Gymnasium umgewandelt und trägt seit 1993 den Doppelnamen. Das bisher als Berufsschule genutzte Nicolaiberg-Gebäude wurde der Schule angegliedert.
1989 wurden die Spezialklassen für Musik am Goethe-Gymnasium/Rutheneum seit 1608 in Gera mit dem Ziel gegründet, den Mangel an Musiklehrern in der DDR durch die gezielte Ausbildung und Förderung musischen Nachwuchses zu beheben. So mussten sich in den Anfangsjahren die Absolventen der Spezialklassen noch zu einem Lehramtsstudium für Musik verpflichten. 1993/94 war das Fortbestehen der Spezialklassen für Musik kurzzeitig in Gefahr geraten. Doch u.a. die steigenden Bewerberzahlen in den Folgejahren retteten die Ausbildung und damit auch einen der wertvollsten Bestandteile des Goethe-Gymnasium/Rutheneum seit 1608. Mit einer Festwoche wurde im Jahr 2008 das 400-jährige Schuljubiläum begangen. Am 26. September fand im Konzertsaal des Geraer Theater ein Festakt u.a. mit dem damaligen Ministerpräsidenten Dieter Althaus und dem ehemaligen Kultusminister Bernward Müller statt. Das Stadtmuseum Gera widmete der Schulgeschichte eine Sonderausstellung, die am 6. Mai 2008 (dem 400. Gründungstag) eröffnet wurde und am 5. Oktober endete.
