Laboratoř je vybavena špičkovým invertovaným konfokálním mikroskopem Leica TCS SP2 s AOBS (Acousto-Optical Beam Splitter) systémem, zajištujícím vysoký stupeň citlivosti a kombinovatelnosti až čtyř barev fluorescenčních markerů. Mikroskop umožnuje analýzu struktur jak fixovaných tak živých buněk. Pro analýzu živých buněk je přístroj vybaven vyhřívací komůrkou s možností přívodu CO2. Zařízení dovol
uje jak multibarevnou analýzu tak fyziologický záznam buněk, 3D rekonstrukci, FRAP (Fluorescence Recovery After Photobleaching) a FRET (Fluorescence Resonance Energy Transfer) analýzu. K dispozici je diodový laser 405 nm pro excitaci v oblasti spektra blízkého UV. V laboratoři je k dispozici také vynikající systém Olympus Cell^R, který je vybaven stabilizovaným zdrojem světla, vysoce citlivou kamerou Hamamatsu, motorizovaným ostřením a softwarovou dekonvolucí obrazu. Mikroskopy jsou umístěny na antivibračním stole a v místnosti je klimatizace nutná pro optimální provoz přístrojů. Laboratoř je využívána pracovníky z mnoha oblastí výzkumu a významně přispívá k výsledkům, které jsou publikovány v renomovaných vědeckých časopisech.
