Ve školním roce 1959-1960 byla zřízena v Kyjově jedna třída zvláštní školy jako pobočka Zvláštní školy internátní v Nenkovicích a ve školním roce 1966/67 se škola osamostatnila. Svoji historickou budovu získala škola v roce 1968, byla to vilka po místním staviteli (posléze internát SZŠ Kyjov) a s postupným zvyšováním počtu tříd došlo také k postupné dostavbě (učební pavilon s jídelnou a výdejnou, tělocvična). Sama dostavba byla podmíněna stísněnými prostorami areálu školy, takže i učebny byly pro tehdejší počty žáků ve třídě většinou nedostatečné. Po roce 1989 se budova školy dostala do restitučního řízení. Zřizovatel ŠÚ Hodonín vyřešil tuto situaci koupí volného areálu stavebního učiliště v Kyjově-Boršově (budova a pozemky). Novým územněsprávním členěním republiky došlo také ke změně zřizovatele, kterým se stal Jihomoravský kraj.Škola byla zřízena jako příspěvková organizace Jihomoravského kraje. Její název byl změněn ze Zvláštní škola, Kyjov, Za Humny 3304 na Speciální školy, Kyjov, okres Hodonín. Předmětem její činnosti byla výchova a vzdělávání dětí se specifickými vzdělávacími potřebami, se zaměřením na žáky s mentálním postižením. Pro nárůst klientely s těžším mentálním postižením, byly na škole nejdříve zřízeny třídy pomocné školy formou skupinové integrace dětí s těžším mentálním postižením (vzdělávací program pomocné školy) mezi žáky zvláštní školy. S přechodem zařízení pod Jihomoravský kraj a s rozšiřováním péče na ÚSPM Kyjov, byla původní zvláštní škola rozšířena o pomocnou školu a přípravný stupeň pomocné školy. Uvedený komplex zařízení byl schopen poskytnout vzdělávání dětem s mentálním postižením všech stupňů. V rámci optimalizace došlo v roce 2004 ke sloučení školy se Speciální mateřskou školou při Okresní nemocnici Kyjov, okres Hodonín a Speciální základní školou při Okresní nemocnici Kyjov, okres Hodonín. Nástupnickou organizací se staly Speciální školy, Kyjov, okres Hodonín. Uvedené právní subjekty zanikly k 31. 6. 2004 a od 1. 7. 2004 se staly součástmi naší školy. V roce 2015 byl změněn název školy na současný platný název: Mateřská a Základní škola Kyjov, Za Humny, příspěvková organizace.
