E Liceo Rural Pacayitas bajo el nombre de Colegio Telesecundaria de Pacayitas inició sus labores el 7 de febrero del año 2000. Esta se desarrolló en el aula que actualmente sirve como dirección de la Escuela de Pacayitas. Para esta primera sesión aun no se contaba siquiera con el equipo y los textos necesarios para realizar el trabajo académico, sin embargo, existían deseos de salir adelante y motivación por convertir este sueño en una realidad. Para el 2001 la matrícula aumentó a 42 estudiantes. Con dos secciones fue necesaria la incorporación de un nuevo docente y el traslado a las aulas de la antigua Escuela de Pacayitas. En el 2002 continuamos creciendo. Ya la Telesecundaria estaba completa según la propuesta original. Contaba para entonces con tres docentes que atendían a 64 estudiantes divididos en tres secciones. Este año el Colegio Telesecundaria de Pacayitas rinde su primera graduación de noveno año con 23 estudiantes. En el 2003, la necesidad de darle continuidad al proceso de los estudiantes recién graduados impulsa a la institución a brindar el Programa Nuevas Oportunidades Para Jóvenes, exclusivo para décimo y undécimo año. Una nueva graduación de estudiantes de noveno año abre la posibilidad para que la institución sea tomada en cuenta en el programa de Tele bachillerato recién iniciado por el Departamento de Telesecundaria en San José. Al finalizar este 2003 ya la institución contaba con un aula propia. El 2004 inicia con una novedad. El Colegio Telesecundaria de Pacayitas se inserta en el Programa de Tele bachillerato junto con veinte colegios más en esta modalidad. Es el inicio de un sueño que deberá culminarse al año siguiente. Para el 2005 ya el Colegio cuenta con tres aulas propias. Hay cinco docentes para igual cantidad de secciones, y una matrícula de 75 estudiantes. Durante el 2006 y el 2007 el colegio se consolida obteniendo excelentes resultados en pruebas nacionales (bachillerato). Pese al gran esfuerzo no hemos podido construir las dos aulas que hacen falta. Para el 2008 gracias a la ayuda de Dios logramos 100% de aprobación en Pruebas Nacionales de Bachillerato, además se inicio la construcción del comedor de la institución. Obtuvimos los primeros lugares en Feria Científica a nivel regional y una destacada participación en deporte. Para lo que va del 2009 se inauguro el comedor y además se dio inicio a otro gran sueño la Construcción del Laboratorio de cómputo. Obtuvimos como los años anteriores los primeros lugares en la Feria Científica a nivel Regional y Pista y Campo a Nivel Nacional siendo catalogada nuevamente como una de las mejores Instituciones de Turrialba. Para lo que del 2010 el colegio está trabajando con todo para lograr construir las aulas que tanto hacen falta. Se inicia el curso lectivo inaugurando el Laboratorio de Computo de la Institución logramos pasar a la final regional de Feria Científica con tres proyectos se consiguieron medallas importantes en pista y campo. Lo más importante de este 2010 es que la institución está logrando cosas nuevas trabajando con una mentalidad rejuvenecida que trabaja por el 100% de promoción en el examen de Bachillerato. Gracias a tramites meramente administrativos se incorpora un guarda y una conserje que viene a consolidar y ayudar aun mas en el quehacer del centro educativo
Para este 2011 logramos una medalla de oro en Juegos Deportivos Estudiantiles Nacionales en la categoría de marcha. Iniciamos la construcción de dos aulas, la dirección y una batería sanitaria. Clasificamos a la Final Regional en el FEA y Feria Científica. Pero algo que sin duda no podemos dejar de la es el Cambio de Modalidad, para abril del 2011 nos llega el comunicado de que el centro educativo deja de ser TELESECUNDARIA ya pasa a ser LICEO RURAL PACAYITAS. El cambio abre el código de director lo que le permitió al coordinador ascender a director y nombraron a un nuevo docente de ingles que ocupa el campo que dejo el director. El Liceo Rural Pacayitas se está descubriendo replanteando nuevos objetivos, se adapta a la modalidad y trabaja por mantenerse entre los colegios de elite de la Dirección Regional de Turrialba.
