La filière pré-professionnelle de la CEGM est destinée aux élèves motivés et très talentueux. La filière pré-professionnelle classique est placée sous la responsabilité de M. Jonas Grenier. Pour la musique classique et le jazz, le but de cette filière est de stimuler les élèves avec un cours instrumental renforcé – notamment en les regroupant pour des stages, des cours de maîtres, des auditions et
des examens en collaboration avec la Haute École de Musique de Genève ou l’AMR – en leur offrant des cours de formation générale en musique ou des cours de culture musicale de la HEM (dans ce cas après évaluation et dans la limite des places disponibles) et en leur permettant de se familiariser avec le travail des élèves des classes professionnelles. Les élèves de la Filière Préprofessionnelle ont par ailleurs accès à des horaires aménagés au cycle d'orientation, au collège de Genève et à l’école de culture générale. Après un parcours de trois ou quatre ans, l'élève sera mieux préparé au concours d'entrée en classe professionnelle où la concurrence est vive. Il a tout avantage à poursuivre ses études générales qui restent un élément indispensable de sa culture. À l'âge où les destins s'esquissent, le choix de la Filière Préprofessionnelle peut être remis en question par l'élève lui-même ou par l'Institution. Dans ce cas, après une expérience enrichissante, l'élève rejoindra, en principe, les derniers paliers des études instrumentales. Un examen d’entrée organisé en avril et mai donne accès à cette filière. Une réflexion continue, en lien avec les écoles partenaires et la HEM, vise à optimiser en permanence le cursus de cette filière.