A Igreja Presbiteriana do Brás sonhava com uma escola. Muito antes de sua abertura, vários membros conversavam a respeito, davam sugestões, discutiam a viabilidade e consideravam os recursos humanos e financeiros. Alguns demonstravam grande entusiasmo; outros, nem tanto. Apesar das diferenças, um pensamento era comum: apenas com a benção de Deus o sonho se tornaria uma realidade. Por esse motivo, todos oravam pela concretização de tal aspiração.
Tantos foram os membros da entidade mantenedora envolvidos neste sonho que f**a difícil citar cada um deles. Nem por isso, deixaremos de registrar nossa gratidão a Deus por cada vida que fez e faz parte – direta ou indiretamente – desse sonho de outrora, realidade de agora, chamado Colégio Presbiteriano do Brás.
Um dos primeiros passos rumo à realização da fundação do colégio foi o Conselho da Igreja Presbiteriana do Brás (entidade mantenedora) reunir-se para receber o projeto de abertura do Colégio Presbiteriano do Brás – Educação Infantil. Na mesma data, decidiu-se abrir um processo administrativo junto aos órgãos legais do sistema de ensino e à Prefeitura de São Paulo para abertura e funcionamento do colégio.
Após todo o processo de legalização, no dia 17 de fevereiro de 1999 realizava-se o culto de gratidão a Deus pelo início das atividades do Colégio Presbiteriano do Brás, nas dependências do templo da entidade mantenedora, a Igreja Presbiteriana do Brás, tendo como pregador o Reverendo Elieser Ferreira. Entre membros da igreja e familiares dos primeiros alunos, 110 pessoas assinaram o livro de presença. Em 18 de fevereiro de 1999, o colégio iniciou suas atividades com 28 alunos matriculados na Unidade I.
Desde a sua fundação, o colégio cresceu muito. Preocupados com o acompanhamento dos seus alunos que se formavam na educação infantil, necessitando prosseguir seus estudos no ensino fundamental, a direção do colégio elaborou um projeto de ampliação que foi aprovado pela entidade mantenedora. Requereu-se então, junto a Diretoria de Ensino Leste 5, a autorização para funcionamento do Ensino Fundamental I e II com ampliação das instalações, requerimento este deferido no ano de 2000.
Em 2001, tiveram início as atividades do ensino fundamental, com a implantação gradual de séries, iniciando a 1ª série com 17 alunos, em sua II Unidade. No mesmo ano, a educação infantil já contava com 128 alunos.
Com o crescimento do colégio, o conselho da entidade mantenedora instituiu o Conselho Deliberativo do Colégio Presbiteriano do Brás com objetivo de deliberar sobre todos os assuntos de interesse do Colégio.
Face ao crescimento do colégio viu-se a necessidade de transferir a entrada, que passou da Rua São Leopoldo para a Rua Nicolau Barreto, oferecendo mais segurança, tranquilidade e comodidade aos pais e alunos.
Uma nova unidade foi construída e inaugurada em 2008, a unidade III para abrigar o Ensino Fundamental I.
Em 2015 surgiu a necessidade de mais uma unidade, então foi inaugurada a IV unidade para atender as necessidades do curso integral, juntamente com a ampliação da Unidade II para abrigar o mais novo curso do colégio, o Ensino Médio.
A partir de 2017, nas instalações do Colégio, no período noturno teve início o funcionamento do Polo de Ensino à Distância da Universidade Presbiteriana Mackenzie para cursos de graduação e pós-graduação.