Foi criado, em 1957, por um grupo de brasileiros, japoneses e nisseis, apoiado pelo Embaixador Japonês Yoshiro Ando, com o propósito de implementar as relações culturais entre os dois países. Sua fundação deu-se em 16 de agosto do mesmo ano, em Assembleia Geral, presentes o Embaixador Yoshiro Ando e representantes do Corpo Diplomático, das Forças Armadas, do Congresso Nacional e da elite intelectual brasileira. O Embaixador Francisco Cavalcanti Pontes de Miranda, Presidente da Sessão, foi aclamado 1º Presidente da entidade. Assinaram o Livro de Presenças, como Sócios Fundadores, Affonso Arinos, Anísio Teixeira, Barbosa Lima Sobrinho, Candido Portinari, Clovis Salgado, Oscar Dias Correia, Oscar Niemeyer, Frederico Trotta, Apolonio Sales, Clovis Monteiro, Antonio Olinto, Deolindo Couto, David Nasser, Herbert Moses, Ruben Berta e mais de uma centena de outras personalidades. Em 14 de junho de 1958, inaugurou sua sede própria, com a presença do Príncipe Mikasa e da Princesa Yuriko – em visita ao Brasil para as comemorações do Cinquentenário da Imigração Japonesa – e de autoridades dos dois países, como o Embaixador Yoshiro Ando, a Embaixatriz Hideko Ando, o Ministro Vasco Leitão da Cunha, o General Anápio Gomes, entre outros. A transferência da Embaixada do Japão para Brasília, em 1971, em nada alterou suas inter-relações com o Governo Japonês; estas mantiveram-se sempre firmes, elevadas, cordiais com o Consulado-Geral do Japão, instalado no Rio de Janeiro. É seu principal parceiro. A instituição é autônoma, mas preserva e resguarda esse inter-relacionamento como parte de sua memória histórica e de sua proposta institucional. Paralelamente, mantém também fortes vínculos com a Câmara de Comércio e Indústria Japonesa do Rio de Janeiro, com a Associação Nikkei do Rio de Janeiro e com a Associação Cultural e Esportiva Nipo-Brasileira do Estado do Rio de Janeiro (RENMEI), entidades coirmãs e parceiras de todos os momentos. Para a efetivação de seu trabalho, o Instituto dispõe de uma Diretoria (função executiva), de um Conselho Deliberativo (funções normativa e de controle) e de um Conselho Fiscal (funções de fiscalização econômico-financeira). A Assembleia Geral é seu principal poder, do qual dimanam os demais. Oferece, regularmente, ao seu quadro social e ao público interessado cursos de língua japonesa e de artes orientais, como ikebana (arranjos florais), oshi-ê (bonecas em alto relevo), origami (dobradura de papel), chanoyu (cerimônia do chá), shodo (caligrafia artística), nihon ga (pintura clássica) e nihon ryori (culinária japonesa). A par disso, desenvolve projetos culturais voltados ao público em geral, como “Japão na Praça”, “Noite do Japão”, “Concurso de Redação”, “Fórum Internacional de Meio Ambiente” e outros, em parceria com prefeituras, associações diversas, clubes sociais e instituições de ensino. Em 1995, participou das comemorações dos 100 Anos do Tratado de Amizade, Comércio e Navegação (celebrado entre os dois países em 1895), evento marcado pela presença de Sua Alteza, a Princesa Sayako. Em 1997, associando-se às manifestações de carinho e de alegria da colônia japonesa e do povo brasileiro, ajudou a recepcionar o Casal Imperial, Suas Majestades, o Imperador e a Imperatriz do Japão, em visita ao Rio de Janeiro. Seu Quadro Social registra, além dos memoráveis Sócios Fundadores, uma plêiade de Sócios Beneméritos e Honorários, como Alberto Furuguen, Eliezer Batista, Flávio-Shiró, Francisco Dornelles, Alberto Fajerman, Haruyoshi Ono, Kentaro Nagata, Marcelino D’Almeida, Roberto Menescal, Yoshio Maranaga, Arnaldo Niskier, Humberto Motta, Tizuka Yamasaki, Arthur Antunes Coimbra (Zico), Ludmila Mayrink da Costa, Marcos Almir Madeira, entre outros. Ilustram-lhe a Galeria de ex-Presidentes o Embaixador Francisco Cavalcanti Pontes de Miranda, o Embaixador Roberto Mendes Gonçalves, o Dr. José Thomaz Nabuco, o Almirante José de Carvalho Jordão, o Deputado Frederico Trotta, o Vereador Diofrildo Trotta, o Embaixador Paulo Leão de Moura, o Embaixador Manoel Pio Corrêa e o Professor Moacyr Barros Bastos, ilustre Chanceler da Universidade Moacyr Sreder Bastos. Desde 2015, a Instituição está sob o lúcido comando do Dr. Sohaku Raimundo Cesar Bastos, personalidade bastante identificada com as causas e coisas do Brasil, do Japão, do Sri Lanka e de outros países asiáticos, sendo Cônsul-Geral Honorário do Sri Lanka no Rio de Janeiro e São Paulo, Graduado em Medicina Oriental no Japão, Bacharel em Medicina e Doutor em Acupuntura no Sri Lanka.
