Em 1948 sob a direção do pastor Luis Gianini, foi construído a primeira Escola Adventista Urbana de Pelotas. Era preciso oferecer educação integral para as crianças de nossa igreja. A primeira professora, Elmira Barreto, era apoiada pela junta escolar de então: o diretor Rodolfo Zehetmeyr, que exerceu este cargo durante aproximadamente três anos, o tesoureiro Ataíde de Abreu e o conselheiro Luis Gianini. Inicialmente funcionou a primeira, segunda e terceira séries primárias, em salas nas dependências da própria Igreja Adventista Central de Pelotas, localizada na Rua Santa Cruz n° 1973. Com o aumento no número de estudantes, foi necessário aumentar também o número de salas da igreja. Foi assim que nasceu a futura Escola Adventista Princesa Isabel. A escola ficou localizada junto à igreja, até surgir a oportunidade de adquirir um novo terreno, que aconteceu na gestão ministerial do pastor Ezequiel Moraes, entre os anos 1971 e 1972. Em 1973 o pastor Jorge Anacleto lançou a pedra fundamental, ficando o trabalho da construção, propriamente dita sob a responsabilidade do pastor Nelson Amador dos Reis, pastor distrital. No ano de1977, a escola contava com 140 alunos e realizou a 1ª formatura do Ensino Fundamental Completo. Com muita alegria este evento foi realizado no auditório do Instituto de Educação Assis Brasil. Um dos destaques de gestores, foi o professor Mardoqueu na conquista de 440 alunos em nossa escola, um dos maiores picos de sua história até então. Em1993, a escola passou a chamar-se Centro Educacional Adventista de Pelotas e em 1996 passou a denominar-se Escola Adventista de Pelotas. Daí para frente houveram muitos avanços, tanto na parte pedagógica como em sua estrutura. Banheiros novos, pavimentação no pátio e o grande projeto, a construção do Ginásio Poli-Esportivo Carlos Borba. O ano de 1999 foi muito especial para nossa escola, pois foram comemorados os 50 anos da Escola Adventista de Pelotas, com muitas festividades, cantata dos corais da escola e da igreja e culto de Ação de Graças. Este evento foi realizado no auditório do Clube Gonzaga. No ano 2000, a escola passou a chamar-se Escola Adventista de Ensino Fundamental de Pelotas, sob a administração do professor Pedro Daniel Siqueira de Mattos. Em 11 de fevereiro de 2001, inaugurou-se o Ginásio Poliesportivo. No ano de 2009 um novo espaço para a Biblioteca Escolar foi inaugurado e no segundo semestre do ano de 2014 uma reforma na fachada, nas salas de Educação Infantil e Playground, deram um tom de modernidade na escola. Em 2015 mais salas foram reformadas e o ambiente foi modernizado com a implantação do laboratório de Informática. No primeiro semestre de 2016 a escola inaugurou seu laboratório de Ciências e cobriu a área externa da Educação Infantil. Desde 1948, muitos profissionais da educação contribuíram para o bom funcionamento da escola. Segue abaixo os professores que estiveram à frente como Administradores Escolares.
1948 – Rodolfo Zehetmeyr
1978 – Yolanda Morsch dos Reis
1980 – Alcides Coimbra
1982 – Norma Seidl
1984 – João Locatelli
1987 – Mardoqueu Mattos Pires
1989 – Lucila Garcia
1990 – Carlos Alberto Rodrigues
1992 – José Humberto Laureano Cardoso
1994 – Carlos Seneu Lopes dos Santos
2000 – Pedro Daniel Siqueira de Mattos
2003 – Alice Leonor Seemann Bussmann
2005 – Márcia Giseli dos Santos Silveira
2009 – Valéria Caetano Rodrigues
2014 - Mariângela Mendes
2019 – Revelino Evangelista
2021 - Marilane Barcelos Pereira (atual administradora)