Em Pelotas, a Escola São Francisco de Assis nasceu em 06 de fevereiro de 1889. Famílias pelotenses, entusiasmadas com a capacidade de administração e trabalho educativo das Irmãs Franciscanas junto às meninas órfãs, pediram, também, para seus filhos uma escola religiosa, anexa ao Asilo, de Orphãs N. Desse modo, na sua caminhada histórica, a ESFA permaneceu aberta, atenta aos desafios e aos apelos da sociedade, buscando concretizar seus ideais através de uma educação ancorada nos princípios cristãos que valorizava os aspectos materiais e espirituais do ser humano. A formação humana, cultural, científica, social e cristã que embasou o desenvolvimento de seus alunos, contribuiu para a formação de profissionais competentes, responsáveis, éticos e comprometidos, que, no momento presente, atuam nos mais diferentes setores do mercado de trabalho.Atualmente, a ESFA, que não relega o passado a um segundo plano, empenha-se na formação da cidadania, fundamentada no respeito mútuo, no diálogo e na solidariedade. Para responder aos desafios de hoje, procura criar um ambiente de constante aperfeiçoamento e atualização qualificada na comunidade educativa, tendo em mente que a contemporaneidade requer trabalhos em equipe, envolvendo não só os educadores e educandos, mas também a participação da família e sociedade, a fim de operacionalizar seus propósitos educacionais. A Escola, na sua proposta pedagógica, contempla, igualmente, ações integradas e projetos sociais de conscientização, cidadania, solidariedade e participação no contexto histórico-cultural em que está inserida. Portanto, o tempo foi passando, e a ESFA foi crescendo. Por isso, a necessidade de novos espaços fez com que, aos poucos, marcasse, ainda mais, a história de Pelotas, através da aquisição da sede própria. Em 05 de janeiro de 2004, iniciou-se a construção do novo prédio. Em 05 de fevereiro de 2005, houve a inauguração da sede, com mudança de endereço para a Rua Almirante Barroso, 1692.
