O IESTA foi fundado em 1957, com o nome de Ginásio Pio X. Em 27 de novembro do mesmo ano, pelo decreto n° 8287, passou a chamar-se Ginásio Estadual Santo Tomás de Aquino (GESTA). O 1° prédio era uma fábrica de calçados que foi transformada em escola pela Fundação César Lates, escola particular dos Irmãos Maristas que vendeu a construção para ser a sede desta escola, que anteriormente funcionava junto ao Grupo Escolar Charruas. Durante a construção do prédio A, a escola funcionou provisóriamente no colégio Anchieta. Em 16 de janeiro de 1979, pelo Decreto n° 28.170, foi criada a Escola de 2° Grau de Marau, que funcionava junto ao GESTA. Em 8 de fevereiro de 1983, pela Portaria de Unificação n° 3748, publicada no Diário Oficial de 17 de fevereiro de 1983, unificou-se o Ginásio Estadual Santo Tomás de Aquino e a Escola de 2° Grau Marau, passando a ser a Escola Estadual de 1° e 2° Graus Santo Tomás de Aquino (EESTA). Através da Portaria 264 de 16 de outubro de 2000, devido à criação do curso Técnico em Contabilidade, pós Ensino Médio, o EESTA, passa a ser chamado de Instituto Estadual Santo Tomás de Aquino, atual IESTA. O nome da escola é uma homenagem ao patrono de todas as escolas e universidades católicas "Santo Tomás de Aquino".
