মশজিদ মিশন একাডেমি (স্কুল এন্ড কলেজ) রাজশাহী মহানগরীর বহুল পরিচিত একটি শিক্ষা প্রতিষ্ঠান। এ প্রতিষ্ঠান মহানগরীর প্রাণ কেন্দ্রে অবস্থিত। শিশু শ্রেণী থেকে আরম্ভ করে দ্বাদশ শ্রণী পর্যিন্ত এখানে পাঠ দান করা করা হয়। একাদশ ও দ্বাদশ শ্রেণীতে ছাত্র-ছাত্রীদের পৃথক-পৃথক ভাবে পাঠদানের ব্যবস্থা আছে। রাজশাহী মশজিদ মিশন দ্বারা পরিচালিত বিধায় এর অনুরূপ নামকরণ করা হয়েছে। একাডেমির যাত্রা শুরু হয় ১৯৮১ সালে মশজিদ মিশন একাডেমি, মির্জাপুর নামে। ১৯৮২ সালে প্রাথমিক নির্মাণ কাজ শেষ করার পর মিশনের নিজস্ব জমিতে বড়কুঠিতে একাডেমির কার্যক্রম আরম্ভ করা হয়। নির্মাণের যাবতীয় কাজনিজস্ব অর্থায়নেই পরিচালিত হয়ে আসছে। ধীরে ধীরে প্রতিষ্ঠানটি নির্মিত হয়ে অবকাঠামো বর্তমান রূপ লাভ করেছে।
ছাত্র-ছাত্রীদের একত্রে সংকুলান না হওয়ায় এবং শিক্ষানগরী রাজশাহীর ঐতিহ্য অনুসরণ করে ২০০৪ সালে বালিকা শাখা শিরোইলেস্থাপন করা হয়। শিরোইলে মহিলা কলেজ শাখা স্থাপনের পরিকল্পনা থাকলেও আজও তা বাস্তবায়ন করা সম্ভব হয়নি। ১৯৯১ সালে এক.এস.সি ও ১৯৯৭ সালে এইচ.এস.সি পরীক্ষায় ছাত্র-ছাত্রীগন প্রথম অংশগ্রহণ করে। বড়কুঠি শাখায় অবস্থিত আছে অধ্যক্ষ অফিস সহ প্রশাসনিক অফিস। বালিকা শাখায় আছেন একজন তত্ত্বাবধায়ক। ক্লাশ তত্ত্বাবধা তিনি-ই করেন। প্রতিষ্ঠানটি এম.পি.ও ভুক্ত হলেও নিজস্ব অর্থায়নে নিয়োজিত আছেন অনেক শিক্ষক ও কর্মচারী।
এখানে ছাত্র-শিক্ষক-অভিভাবকগণের মধ্যে সৌহার্দ্যপূর্ণ পরিবেশে শিক্ষাদান করা হয়। শিক্ষার পরিবেশ ও শিক্ষার মান বজায় রাখার জন্য কমিটিসহ সকলেই ঐক্যবদ্ধ ও ঐক্যমত্য। সৎ মানুষ ও সুনাগরীক গড়ে তোলাই সংশ্লিষ্ট সকলেরেকান্ত প্রচেষ্টা। প্রতিষ্ঠানের নির্ধারিত পোষাক পরে ছাত্র-ছাত্রীদের প্রতিষ্ঠানে আসতে হয়। লিখা-পড়ার মান ঠিক রাখার জন্য অকৃতকার্য শিক্ষার্থীগনের উচ্চত্র শ্রেণীতে উন্নীত করা হয় না। প্রতিষ্ঠানের অবকাঠামো, ছাত্র-ছাত্রী বিবেচনায় এটি একটি বিশাল শিক্ষা প্রতিষ্ঠান। চার প্রকার শিক্ষা প্রতিষ্ঠানের ধারা এখানে একীভূত হয়েছে। কিন্ডার গার্টেন, প্রাইমারী, হাইস্কুল ও কলেজ। একজন শিক্ষার্থী ইচ্ছা করলে কেজি থেকে দ্বাদশ শ্রেণী পর্যন্ত পড়াশুনা করতে পারে।