Azərbaycanda ilk və yeganə ali dini təhsil müəssisəsi olan Bakı İslam Universiteti (BİU) SSRİ Nazirlər Soveti yanında Dini İşlər Şurasının 17.01.1989-cu il tarixli, 2 №-li protokoluna əsasən Qafqaz Müsəlmanları İdarəsinin nəzdində Bakı İslam Mədrəsəsi kimi fəaliyyətə başlamışdır. 1991-ci ildə həmin mədrəsənin bazasında Bakı İslam İnstitutu yaradılmış, 1994-cü ildə Qafqaz İslam Universiteti, 1997
-ci ildə isə Bakı İslam Universiteti kimi Azərbaycan Respublikası Ədliyyə Nazirliyində dövlət qeydiyyatına alınmışdır.
“Bəzi fəaliyyət növlərinə xüsusi razılıq (lisenziya) verilməsi qaydalarının təkmilləşdirilməsi haqqında” Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 02.09.2002-ci il tarixli 782 nömrəli Fərmanına əlavələr edilməsi barədə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 06.08.2009-cu il tarixli 143 №-li Fərmanı ilə təsdiq edilmiş “Xüsusi razılıq (lisenziya) tələb olunan fəaliyyət növlərinin siyahısı”na “ali dini və dini orta ixtisas tədris müəssisələri”nin fəaliyyəti əlavə olunmuş və bu fəaliyyətin lisenziyalaşdırılması Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyinə həvalə olunmuşdur. Fərmana uyğun olaraq BİU-nun vəsatəti əsasında universitetin lisenziyalaşdırılması məsəsləsinə baxılmış və 26.08.2009-cu il tarixdə onun fəaliyyətinə lisenziya verilmişdir.
2010-cu ildən başlayaraq mövcud qanunvericiliyə uyğun olaraq Universitetə tələbə qəbulu Azərbaycan Respublikası Tələbə Qəbulu üzrə Dövlət Komissiyası (TQDK) tərəfindən “Dinşünaslıq” ixtisası üzrə aparılır. Məzunların böyük əksəriyyəti respublikamızın dini təsisatlarında və dövlət qurumlarında, eləcə də Azərbaycan Respublikasının xarici ölkələrdəki diplomatik missiyalarında, MDB məkanında fəaliyyət göstərən diaspor təşkilatlarında, müsəlman ölkələrinin Bakıdakı səfirliklərində, Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının müxtəlif İnstitutlarında çalışırlar. Universitetin rektoru Azərbaycanda tanınmış din xadimi, respublikamızda ilk ilahiyyatçı alim Hacı Sabir Həsənlidir.
