En busca del Conocimiento

Hoy EN BUSCA DEL CONOCIMIENTO, DOS PATÓGENOS Y SUS RESISTENCIAS

PRESENTACIÓM
En esta oportunidad vemos dos métodos de sensibilidad que se asocian a identificaciones tecnológicas. Más específicamente a Espectrometría de masa.

BACILO

Por un lado Stenotrophomona maltophilia, un bacilo gram negativo no fermentador oxidasa variable, generalmente DNASA + y que ya analizamos de forma manual hace algunos años. Les dejo ese análisis al final. Esta cepa se caracteriza por ser muy resistente. No obstante y apesar de poder ensayarse solo 3 antibióticos. No existen tarjetas Vitek para esta cepa. Ya sea que se usa la 421 o la 422 ( ésta última contiene TMS) es sistema lo rechasa. Por otro lado, tengo entendido que existe una tarjeta con minociclina pero aún no la eh usado. Si esa es posible usarla, pues la verdad aún no lo sé.
Como podemos ver en este caso solo fue sensible a la minociclina, y resistente a TMS y levofloxacina

COCO

El otro es un Streptococcus del grupo viridances. Ya tuvimos muchos análisis de este grupo incluyendo uno resistente hace poco. Son cocos Gram positivos con disposición en cadenas. Son catalasa negativos, e incapaces de crecer en medio con bilis. En este caso tenemos la especia S. intermedius que resultó sensible a ßlactámicos. Pero de no serlo o que la persona fuera alergico otras opciones a evaluar por parte del medico incluyen la eritromicina y clindamicina. Tanto la levofloxacina como el TMS son más dirijidos al S. pneumoniae y ya lo analizamos anteriormente.
Para poder analizarlo se emplea el dispositivo vitek en la sensibilidad pero la tarjeta es otra. Salvo el caso del S. agalactiae que se analiza con la tarjeta 663, los demás Streptococcus spp responden a la tarjeta ST03.

CONCLUSIÓN

La tecnología es de mucha ayuda y ahorra tiempo. No obstante, el profecional es quien toma la desición final de como concluir el trabajo.

Y esto fue DOS PATÓGENOS Y SUS RESISTENCIAS. Si quieren contribuir intelectualmente todo comentario es bienvenido.

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DATOS Y EJEMPLOS

Stenotrphomona maltophilia: https://www.facebook.com/share/p/1BKQ1TFKzc/

Streptococcus del grupo viridances: https://www.facebook.com/share/p/164xviy4K6/

S. pneumoniae: https://www.facebook.com/share/p/1GxAqmswrp/

S. agalactiae: https://www.facebook.com/share/p/18bQ2LHzqj/

Streptococcus resitente: https://www.facebook.com/share/p/16GdwpWnx8/

Hoy EN BUSCA DEL CONOCIMIENTO UN EJEMPLO DE COCO ENGAÑOSO:

Los Enterococcus spp a diferencia de los Streptococcus spp suelen ser más mucosos. Pero a veces esa morfología engaña como en este caso.

Resulta que la cepa en cuestión se le realizó un antibiograma completo de Enterococcus spp por temas de tiempo. Y por supuesto BE y PYR. Lo curioso es que ambas pruebas dieron negativas. Por lo que se optó por realizar un api strep.

El API STREP da dos resultados. Uno a las 4 hs que puede set poco definido y uno a las 24 hs para confirmar. Cuestión que la cepa a las 4 hs da un resultado en el que da un color naranja en dos azucares, ribalosa y trehalosa. Lo cual es indefinido. Pero se consideró que se podía positivisar luego por lo que se las incluyó como positivas en la identificación.

Como se puede ver era posible que se tratara de un S. agalactiae. Como dato curiosos, si se dispusiera de un Vitek se usaría de todos modos la tarjeta 663 de cocos positivos, siendo el S. agalactiae la excepcion de los Streptococcus spp.

Finalmente se realiza un antibiograma más completo pero con una mezcla con perfil de Enterococcus spp debido al riesgo de que tarde en completar las reacciones.

En casos así se requiere paciencia.

Y es UN EJEMPLO DE COCO ENGAÑOSO. Si quieren contribuir intelectualmente todo comentario es bienvenido.

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Hoy EN BUSCA DEL CONOCIMIENTO, UN ABA COMPLICADO:

El Acinetobacter spp es un género de especies variadas. Siendo que todas poseen las siguientes cualidades en común:

●No fermentadores
●Sin movilidad
●Oxidasa negativos
●Bacilos Gram negativos
●Indol negativos

La identificación de especies requiere más estudios. Por suerte hoy en día existen métodos que ayudas. Como las tarjetas de API NE, la identificación Vitek y en este caso el MALDI-TOF.

La especie que nos ocupa es el Acinetobacter baumanii (ABA). Conocido por poseer dos mecanismos básicos de resistencia antibiótica. Por un lado un ampC constitutivo. El cual, como todo ampC no puede ser inhibido por inhibidores tradicionales como ácido clavulanico o sulbactam. Y además, está desreprimido constantemente. El otro mecanismo es la Oxa 52 capáz de degradar facilmente carbapenemes y ßlactámicos resistentes a betalactamasas.

En este caso, dado que la sensibilidad a otros antibióticos como la ciprofloxacina no resultó, se ensayaron adicionales.

La tigeciclina se debe de ensayar por CIM solo de forma manual, ya que el vitec la sobreestima. Otros como el TMS, FOSFO y mino no resultaron. Ésta última fue intermedia

Lo único que se pudo considerar sensible es el colistin evaluado por predifusión

Y esto es UN ABA COMPLICADO. Si quieren contribuir intelectualmente todo comentario es bienvenido.

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Hoy En busca del Conocimiento UN EJEMPLO DE COCO FASTIDIOSO

INTRODUCCIÓN

En esta oportunidad contamos con un ejemplo de cocos Gram positivos en cadenas catalasa negativos. Generalmente PYR +, anaerobivos facultativos, no esporulantes y oxidasa negativos.

En ocaciones los fastidiosos, suelen ser contaminates. Pero como veremos en este ejemplo, fue necesario jerarquisarlos.

La cepa en cuestión es la Gemella morbillorum, misma de la que se han descrito más de 10 especies, según la bibliografía consultada. Entre otras estan:

○G. morbillorum
○G. haemolysans
○G. bergeri
○G. asaccharolytica
○G. taiwanensis
○G. sanguinis

La clasificación fue cambiando con los años. En 1917 fueron asociadas al género Peptostreptococcus spp por ser anaeróbicas facultativas. Luego debido al ácido láctico como principal producto metabólico se identificaron con Streptococcus spp. Pero análisis de hibridación genética C-G las reclasificaron como un género a parte.

ANÁLISIS

Estos microorganismos se asocian a riesgos de endocarditis. Y existe el riesgo de infecciones ascendentes.

En este caso se contó con un urocultivo con respuesta inflamatoria y con células epiteliales escasas. Por lo que se sembró en agar chocolate con el crecimiento de esta cepa en alto recuento.

Se decidió reapizar un API de strepto y dió en 4 hs y luego a las 24 hs el resultado que vemos.

Se podría hacer PCR con genes asociados a subunidad 16S de ARNr. O MALDI-TOF también.

SENSIBILIDAD

De momento la sensibilidad se debe de realizar por CIM siguiendo las normas del CLSI M45. No puede encontrar más actualizaciones.

Como la PENICILINA no llega al punto de intermedio se decidió pones como SDD.

Y esto es UN EJEMPLO DE COCO FASTIDIOS. Si quieren contribuir intelectualmente todo comentario es bienvenido.

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Hoy En busca del Conocimiento UNA PAE SEMIRESISTENTE.

En esta oportunidad contamos con una Pseudomona aeroginosa o PAE que inicialmente presentó una sensibilidad disminuida a la cefalosporinas.

De manera natural las PAE poseen mecanismos como impermeabilidad, bombas de expulsión y un ampC inducible.

Sabemos que se trata de una PAE ya que está identificada con MALDI-TOF.

Se decide realizar el mecanismo tras ver la sensibilidad mediante VITEK2. Por cierto, la tarjeta para la sensibilidad de PAE es la 421, ya que la 422 posee nitrofurantoína y la misma es resistente natural.

Dada la evidente sensibilidad a carbapenemes no es muy problable que posee carbapenemasas. Se decide buscar un mecanismo BLEE.

El ensayo emplea la combinación de CAZ-CAZ/CLAVU-FEP. También la CZA y el C/T.

El resultado muestra que es una cepa sensible a CZA y al C/T. Por otro lado es curioso que el amtibiótico combinado y la CAZ poseen la misma medida.

Teniendo en cuenta que el ampC no puede ser inhivido por el ácido clavulánico, posiblemente estemos frente a un ampC que se está desreprimiendo. No obstante, no debería afecter al cefepime. Por lo que posiblemente el problema sea además una disminución incipiente en la expresión de las porimas. Causando el inicio de la impermeabilidad que aún no es tan notorio.

Y esto es PAE SEMIRESISTENTE. Si quieren contribuir intelectualmente todo comentario es bienvenido.

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Hoy En busca del Conocimiento UN EJEMPLO DE MICROORGANISMO FASTIDIOSO:

En esta oportunidad nos toca un fasticioso especial. Se trata de la Mraxella ostloensis, un cocobacilo aerobio gramnegativo, oxidasa positivo, no móvil y asacarolítico. Caracteristica que comparte con otras especies:

○M. osloensis
○M. catarrhalis
○M. nonliquefaciens
○M. lincolnii

También, el conjunto anterior son microbiota habitual de vías respiratorias.

Estas especies son capaces de causar estragos en otras regiones como vías sanguíneas, huesos, articulaciones y sistema nervioso central.

La identificación es dificil. Generalmente se recomienda, como en este caso hacer MALDI TOF. Pero se puede usar PCR con ADNr 16S.

En cuanto a la sensibilidad las fuentes que ví indica la penicilina con un valor menor a 0,25 ug/mL. Por el momento la tabla del CLSI M45, que corresponde a fastidiosos es lo dispongo. Aunque solo tiene para M. catarrhalis. Ahí se muestra el AMC para descartar ß-lactamasas.
Les dejo la tabla para ver el resto.

Y este es OTRO EJEMPLO DE MICROORGANISMO FASTIDIOSO. Si quieren contribuir intelectualmente todo comentario es bienvenido.

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Bibliografía

●Gómez-Camarasa C, Fernández-Parra J, Navarro-Marí JM, Gutiérrez-Fernández J. Infección emergente por Moraxella osloensis. A propósito de la infección ge***al [Moraxella osloensis emerging infection. Visiting to ge***al infection]. Rev Esp Quimioter. 2018 Apr;31(2):178-181. Spanish. Epub 2018 Apr 2. PMID: 29616515; PMCID: PMC6159371.

●BERROCAL, Audina M., et al. Endophthalmitis caused by Moraxella osloensis. Graefe's archive for clinical and experimental ophthalmology, 2002, vol. 240, p. 329-330.

HOY EN BUSCA DEL CONOCIMIENTO, PSEUDOMONA CON MECACANISMO:

En esta oportunidad contamos con una Pseudomona aeroginosa o PAE con una muy alta resistencia.

La misma presenta resistencia a muchos antibióticos por lo que se procede a realizar una busqueda de mecanismo.

Lo primero que notamos es un blue carba negativo. Y que al realizar la busqueda manual se ve que no posee carbapenemasas. Ya que el C/T y la CZA son efectivas.

¿Entonces por qué es resistente a los carmapenemes?

Según lo obtenido por vitek su sensibilidad a cefepime es intermedia. Cosa que podría corregirse pero en sí el sistema corrige cuando conoce el mecanismo de resistencia natural. Y eso que fue identificada por MALDI-TOF.

Pues resulta que el halo de sensibilidad del cefepime es mayor a 14 mm.

El problema probable es que esté o bien sobreexpresando una bomba de expulsión. O bien, exprese menos de sus proteínas porinas, usando un mecanismo de impermeabilidad.

Y esta fue una PSEUDOMONA CON MECACANISMO. Si quieren contribuir intelectualmente todo comentario es bienvenido.

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Hoy EN BUSCA DEL CONOCIMIENTO, UNA CANDIDA CON OTRO NOMBRE:

En esta oportunidad analizamos un microorganismo levaduriforme que fue rebautizado.
Se trata de la Candida krusei, conocida por su resistencia natural al fluconazol y el uso de glucosa como único hidrato de carbono para fermentar.
Las investigaciones llevadas a cabo por la OMS implicaron la secuenciación de las regiones D1/D2 de la subunidad 26S del ADN ribosomal de varias levaduras. Los Genes CBS573T de la C. krusei y CBS5147T de la Pichia kudriavzevii, se compararon. Y se notó una similitud de un 99,6%. Por lo que se concluyó que no existía ninguna diferencia entre estas dos especies.
La industria del glicerol quiso rebautizar a Candida krusei como Candida glycerinogenes. Pero finalmente prevaleció el nombre Pichia kudriavzevii. Esto tras añadir algunas secuencias más de identificación, correspondientes a la subunidad 18S del mismo ADNr.
Tanto las Pichia spp como las Candida spp son descriptas como levaduras con buena tolerancia al ácido succínico. De hecho, la Pichia kudriavzevii es capaz de degradar ácidos orgánicos alterando las propiedades organolépticas de los alimentos. Por esto la industria láctea lo considera un contaminante.
Posee una alta tolerancia a los cambios de pH, etanol, altas temperaturas, medios hiperosmóticos e inhibidores de lignocelulosa. También es capaz de producir biofilms.
Estas cualidades la hacen tan eficaz como la Saccharomyces cerevisiae para la producción de bebidas alcohólicas. Las fuentes consultadas señalan un licor chino.
En febrero del 2021 una investigación señaló la existencia de especímenes que poseían resistencia adquirida a diferentes azoles y a caspofunginas.
De manera natural estas cepas son resistentes al fluconazol y poseen sensibilidad disminuida a la anfotericina B.

Y esto es UNA CANDIDA CON OTRO NOMBRE. Si quieren contribuir intelectualmente todo comentario es bienvenido.

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Bibliografía
• Nguyen TA, Kim HY, Stocker S, Kidd S, Alastruey-Izquierdo A, Dao A, Harrison T, Wahyuningsih R, Rickerts V, Perfect J, Denning DW, Nucci M, Cassini A, Beardsley J, Gigante V, Sati H, Morrissey CO, Alffenaar JW. Pichia kudriavzevii (Candida krusei): A systematic review to inform the World Health Organisation priority list of fungal pathogens. Med Mycol. 2024 Jun 27;62(6):myad132. doi: 10.1093/mmy/myad132. PMID: 38935911; PMCID: PMC11210618.
• Chu Y, Li M, Jin J, D**g X, Xu K, Jin L, Qiao Y, Ji H. Advances in the Application of the Non-Conventional Yeast Pichia kudriavzevii in Food and Biotechnology Industries. J Fungi (Basel). 2023 Jan 27;9(2):170. doi: 10.3390/jof9020170. PMID: 36836285; PMCID: PMC9961021.

Hoy En busca del Conocimiento UN EJEMPLO DE COCO CONTRA ALERGÉNICO:

En esta oportunidad tenemos un ejemplo de un Enterococcus faecium identificado por API.

En este caso no da señales de tener el mecanismo VAN, ya que es sensible a vancomicina y teicoplastina. No obstante, es resistente a la ampicilina. Pero sensible a otros antibióticos.

Tipicamente con el esquema básico se tendían opciones, y esto no es un urocultivo. Por lo que no se emplea nitrofurantoína. Pero el problema fue un aviso de que la persona era alergica a los ß-lactámicos. Por eso se amplió el esquema con antibióticos pensados para Enterococcus spp vancomicina resistentes.

La ciprofloxacina puede informarse para materiales varios aunque no es lo más común. Se suele reservar para infecciones urinarias con estos gérmenes.

Y finalmente lo que ocurre con la daptomicina.

Las normas del CLSI indican un punto de corte pero no contemplan el Enterococcus faecium.
Queda en desición del médico su uso.

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Hoy En busca del Conocimiento UN EJEMPLO DE EXIGENTE CON NOVEDADES: En esta oportunidad vemos un ejemplo de un Haemophilus influenzae que creció en agar chocolate. Estos microorganismos son exigentes, requieren una atmósfera de 5% CO2 y todos los factores necesarios. Este medio, además de poseer glucidas y las proteínas más reactivas (en actividad redox), es suplementado con los factores X (hemina) y V (difosfopiridina).

Su identificación se da con las proteínas más conservadas. Y en cuanto a la sensibilidad es más dificil.

El método se debe de realizar manual y para colmo en un müller hinton suplementado. Otra opción es con agar chocolate.

Como se puede apreciar, en las nosmas del CLSI se ven puntos de corte para diferentes ß-lactámicos. No obstante, los más destacados en las indicaciones del WHO-NET son ampicilina, amoxicilina/ácido clavulanico y cefuroxima.

Por el riesgo de que adquieran ß-lactamasas, una recomendación es hacer el ensayo para descartarla. Y sino realizar la CIM de cefuroxima.

El ácido nalidíxico o NAL se usa solo como búsqueda de resistencia a fluorquinolonas. Lo que se informa es la ciprofloxacina.

Hay antibióticos de los que no siempre se dispone. Como es el caso de cofaclor y cloranfenicol.

El TMS y la azitromicina son alternativos en caso alergia a ß-lactámicos.

Esta es una versión más trabajada, y tecnológica si se quiere, de otra publicación pasada. Donde se trabajó de forma manual.

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Hoy EN BUSCA DEL CONOCIMIENTO UN ANAERÓBICO MUY RESISTENTE:

INFORMACIÓN

En esta oportunidad contamos con una especie denominada Clostridium clostridioforme. Un bacilo Gram positivo, anaeróbio, productor de butarato y catalasa positivo, entre otras cualidades.

Forma parte de un complejo de bacterias dentro de las cuales encontramos:

Clostridium clostridioforme
Clostridium aldenense
Clostridium asparagiforme
Clostridium bolteae
Clostridium citroniae
Clostridium lavalense

Sin embargo, en 2020 se re-clasificó con un cambio taxonómico cambiando el nombre del género a Enterocloster gen. nov.:

Enterocloster clostridioformis comb. nov.
Enterocloster aldensis comb. nov.
Enterocloster asparagiformis comb. nov.
Enterocloster bolteae comb. nov.
Enterocloster citroniae comb. nov.
Enterocloster lavalensis comb. nov.

También, posee como cualidad una enorme resistencia antibiótica. Entre otros mecanismos posee betalactamasa. Además de ser resistentes a antibióticos como aminoglucósidos, linezolid y rifamicinas entre otros. Para las linezolid, la cepa C. bolteae 90B3 es capaz de presentar metilaciones en secuencias 23S-ARNr. El C. clostridioforme 90A8 presenta genes Van B. Según las fuentes consultadas, en Francia se reportaron en 2020 cepas con genes VAN B adquiridos, lo que los hace resistentes a la vancomicina.

Siendo patógenos que pueden provocar bacteriemia, encontré que la especie C. aldenense es también asociada a infecciones intraabdominales.

EJEMPLO

En este caso la sorpresa comienza cuando de un material abdominal se obtiene un crecimiento de uno de estos bacilos. Dado que se trataba de un absceso se lo cultivó, entre otros medios, en anaerobiosis.

Tras analizarlo con API se identificó. Y luego se solicitó sensibilidad. No pude encontrar una fuente actualizada ni tablas de sensibilidad actualizadas. Pero, se ve que son analizados con CIM. Por consiguiente, se prepararon antibiogramas en agar chocolate por ser el medio disponible donde mejor creció. Como se puede ver es altamente resistente.

CONCLUSIÓN

Sin una tabla de sensibilidades a lo sumo se puede comunicar las CIM para futuras decisiones. Evidentemente, existen gérmenes raros que llegan a ser muy subestimados. No esperamos que aparezcan pero lo hacen.

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BIBLIOGRAFÍA

HAAS, Kelly N.; BLANCHARD, Jeffrey L. Reclassification of the Clostridium clostridioforme and Clostridium sphenoides clades as Enterocloster gen. nov. and Lacrimispora gen. nov., including reclassification of 15 taxa. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2020, vol. 70, no 1, p. 23-34.
DEHOUX, Pierre, et al. Comparative genomics of Clostridium bolteae and Clostridium clostridioforme reveals species-specific genomic properties and numerous putative antibiotic resistance determinants. BMC genomics, 2016, vol. 17, p. 1-16.
APPELBAUM, P. C., et al. Characterization of a β-lactamase from Clostridium clostridioforme. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 1994, vol. 33, no 1, p. 33-40.
MARVAUD, Jean-Christophe; MORY, Francine; LAMBERT, Thierry. Clostridium clostridioforme and Atopobium minutum clinical isolates with vanB-type resistance in France. Journal of clinical microbiology, 2011, vol. 49, no 9, p. 3436-3438.
WILLIAMS, O. Martin, et al. A review of three cases of Clostridium aldenense bacteremia. Anaerobe, 2010, vol. 16, no 5, p. 475-477.