Latar belakang didirikannya STAI Sadra adalah untuk memenuhi keinginan dan harapan masyarakat akan pendidikan tinggi Islam yang mampu memberi bekal pengetahuan keislaman, terutama yang berkenaan dengan Filsafat Islam kepada para calon sarjana, sehingga mereka mampu menerapkan dan mengembangkan keilmuan mereka di tengah masyarakat. Hal ini mengingat, bahwa realitas lulusan Perguruan Tinggi Islam di Indonesia masih belum memuaskan. Pertama dipicu oleh kualitas yang belum memadai, sehingga sulit bersaing untuk mendapatkan pekerjaan. Kedua, adanya ambiguitas antara lulusan Timur Tengah–yang memiliki penguasaan yang baik terhadap ilmu-ilmu Islam klasik akan tetapi lemah dalam metodologi, dan pemikiran kontemporer dan lulusan Barat–yang menguasai metodologi dengan baik namun lemah dalam penguasaan terhadap ilmu-ilmu Islam klasik, sehingga hal ini melahirkan jurang antara alumni Timur Tengah dan Barat serta dualisme pemikiran Islam. Padahal, kualifikasi lulusan Sarjana Islam yang dibutuhkan saat ini, adalah kualitas mereka harus sama dengan kualitas lulusan dari luar negeri, terutama dalam penguasaan bahasa asing (Arab dan Inggris) dan pemahaman mendalam tentang kondisi keagamaan di Indonesia, melalui metodologi riset yang tepat serta penguasaan yang memadai terhadap ilmu-ilmu klasik Islam. STAI Sadra Jakarta ingin menggabungkan dan memadukan kedua keunggulan tersebut, sehingga dengannya diharapkan lahir pemikir-pemikir islam yang menguasai khazanah intelektual Islam yang paling dasar dan otentik, juga menguasai metodologi yang dapat digunakan untuk memecahkan masalah yang dihadapi di tengah-tengah masyarakat. Harapan ini bukanlah suatu hal yang utopis, akan tetapi sangat memungkinkan untuk diwujudkan. Ciri khusus STAI Sadra ini model pengembangan keilmuannya, direalisasikan dalam bentuk adanya keharusan bagi seluruh anggota sivitas akademikanya menguasai bahasa Arab dan bahasa Inggris. Melalui bahasa Arab, diharapkan mereka mampu melakukan kajian Islam melalui sumber aslinya yaitu al-Qur’an dan Hadis dan khazanah keilmuan para pemikir Islam tradisional, sementara melalui bahasa Inggris mereka diharapkan mampu mengkaji ilmu-ilmu Islam dari khazanah karya-karya pemikir Islam modern, di samping juga sebagai piranti komunikasi global. Untuk mencapai maksud terse¬but, dikembangkan ma’had atau pesantren kampus di mana para mahasiswa—khususnya yang mengikuti program beasiswa unggulan “Tarbiyyatul Muhaqqiqin” harus tinggal di asrama. Pendidikan tinggi yang diterapkan di STAI Sadra ini merupakan sintesis antara tradisi universitas dan ma’had atau pesantren. Melalui model pendidikan semacam itu, diharapkan akan lahir lulusan yang berpredikat ulama yang intelek profesional dan atau intelek profesional yang ulama. Ciri utama sosok lulusan demikian adalah tidak saja menguasai disiplin ilmu masing-masing sesuai pilihannya, tetapi juga menguasai al-Qur’an dan Hadis sebagai sumber utama ajaran Islam serta mampu menyebarluaskannya kepada masyarakat, baik di tingkat nasional maupun internasional. Dengan sejumlah karakteristik tersebut, diharapkan Program Studi-program studi yang ditawarkan STAI Sadra Jakarta mampu menarik perhatian dan minat calon mahasiswa baik yang berasal dari Madrasah Aliyah maupun SMA atau SLTA yang sederajat lainnya. Sebagaimana ditunjukkan oleh sebuah survey yang dilakukan oleh sebuah Perguruan Tinggi Islam Jakarta terhadap sejumlah siswa kelas 3 (tiga) SMA di wilayah jakarta, yang menunjukkan bahwa sebagian besar responden (60%) menyatakan bahwa untuk mendalami Islam lebih utama bila dilakukan dengan cara mengikuti kuliah di Perguruan Tinggi Islam. Terutama, menurut sebagian besar (54%) responden, bila ingin mempelajari Ushuluddin (termasuk di dalamnya kajian Aqidah, Filsafat dan Tasawuf). Hal ini menurut pandangan sebagian besar responden (52%), terutama dikaitkan dengan kondisi kehidupan kaum muslim sehari-hari, yang menunjukkan adanya berbagai perbedaan pandangan pemikiran, baik dalam bidang syariah, fikih, teologi maupun pemikiran islam lainnya. Sehingga untuk memahami dan mencari solusi terhadap berbagai perbedaan tersebut, hanya bisa ditempuh melalui studi di perguruan tinggi.
