Okulumuz, 1989 yılında mevcut binası ihtiyaca karşılık vermediği için şu an eğitim-öğretime devam ettiğimiz binaya taşındı. 2001 Eğitim-Öğretim Yılına kadar İmam-Hatip Lisesinin eğitim-Öğretime devam ettiği binada, öğrenci azlığı nedeniyle İmam-Hatip Lisesinin de bünyesinde olduğu Gümüşhane Çok Programlı Lisesi açıldı. 2006-2007 Eğitim-Öğretim Yılına kadar Çok Programlı Lisesi olarak eğitim-öğretime devam eden okul, bünyesindeki Tesisat Teknolojisi bölümünün Gümüşhane Endüstri Meslek Lisesine nakledilmesi nedeniyle Çok Programlılık özelliğini kaybetti. Okul bünyesinde bulunan İmam-Hatip Lisesi bölümü Fatih İmam-Hatip Lisesine, genel lise bölümü de Harşit Lisesine dönüştürüldü. Harşit Lisesi eğitim-öğretime 2011 yılına kadar Gümüşhane Fatih İmam-Hatip Lisesi binasında devam etti. 2011 yılından itibaren kendilerine tahsis edilen binaya taşındı. 2007-2008 Eğitim-Öğretim Yılında Millî Eğitim Bakanlığının almış olduğu bir kararla okulumuz bünyesinde Anadolu İmam-Hatip Lisesi açılmasına karar verilmiştir.Anadolu İmam-Hatip Bölümü ilk mezunlarını 2011-2012 öğretim yılında verdi.
2011-2012 öğretim yılı başlarında okul binamızda meydana gelen heyelan riski nedeniyle okulumuz acilen boşaltılarak, Hasanbey Mahallesindeki boş bulunan Aysın-Rafet ATAÇ İlköğretim Okulu Binasına nakledildi. Gümüşhane’de heyelan sonucu kullanılamaz hale gelen Fatih Anadolu İmam Hatip Lisesi, 6 ay içerisinde 7 milyon lira harcanarak yapılan yeni okulunda eğitim öğretim faaliyetlerine başladı. Oltanbey Caddesinde tesis edilen arsa üzerindeki 6 katlı, 24 derslikli, asansörlü okulda incelemelerde bulunan Vali Dr. Yusuf Mayda, eğitim öğretim yılının ikinci yarıyılında 522 öğrencisiyle faaliyete geçti :))
