โรงเรียนบ้านนาทรายน้ำรอด ตั้งขึ้นเมื่อวันที่ ๑๙ สิงหาคม พ.ศ. ๒๔๗๙ โดยนายเพ่ง
โพธิจินดา ศึกษาธิการอำเภอหนองหาน เป็นผู้ดำเนินการจัดตั้ง ให้ชื่อว่าโรงเรียนบ้านสะแบง
( วัดบ้านนาทราย ) ดำรงอยู่ได้ด้วยการช่วยเหลือการประถม จัดสอนตามประมวลศึกษาพิเศษภาค ๑ ของกระทรวงศึกษาธิการ อาศัยศาลาวัดบ้านนาทรายเป็นสถานศึกษา มีนักเรียนทั้งหมด ๗๒ คน จัดเป็น
๒ ชั้น คือ ก , ข มีนายเจียง นันธานี เป็นครูใหญ่ นายมา แสงศิลา เป็นครูน้อย มีเหตุการณ์เปลี่ยนแปลงลำดับดังนี้
พ.ศ. ๒๔๘๐ นายเจียง นันธานี ได้ขอที่ดินบ้านดอนดู่ ซึ่งเป็นส่วนของชาวบ้านนาทราย เพื่อสงวนไว้เป็นที่ดินของโรงเรียน มีเนื้อที่ประมาณด้านละ ๔ เส้น
พ.ศ. ๒๔๘๓ นายบุญหนัก อรดี ครูใหญ่ได้ย้ายโรงเรียนจากศาลาวัดมาสร้างโรงเรียนกำมะลอที่โนนบ้านดอนดู่ ซึ่งเป็นที่ตั้งของโรงเรียนเอกเทศถาวรจนถึงทุกวันนี้
พ.ศ. ๒๔๘๖ นายเรืองฤทธิ์ ศรีสุนาครัว ครูใหญ่เห็นว่าโรงเรียนกำมะลอที่อาศัยอยู่นี้ทรุดโทรมมาก จึงปรึกษากับชาวบ้าน เพื่อขอไม้กับแรงงานในการปลูกสร้างโรงเรียนเอกเทศถาวรจากราษฎรทั้ง ๒ หมู่บ้าน ชาวบ้านเห็นดีด้วย จึงได้รับความร่วมมือร่วมใจช่วยกันหาไม้และอุปกรณ์มากยกโครงการ ปูพื้น มุงหลังคาจนเสร็จ แล้วย้ายนักเรียนจากศาลาวัดไปที่โรงเรียนเอกเทศชั่วคราว
พ.ศ. ๒๔๙๙ นายวิเชียร หาญธงชัย รักษาการแทนครูใหญ่ ได้รับเงินงบประมาณจากกระทรวง ศึกษาธิการ จำนวน ๓๐,๐๐๐ บาท ( สามหมื่นบาทถ้วน ) โรงเรียนจึงแล้วเสร็จเป็นเอกเทศถาวร ได้ทำการฉลองเปิดป้าย มอบให้เป็นของกระทรวงศึกษาธิการ ตั้งแต่วันที่ ๑๐ เดือนธันวาคม พ.ศ. ๒๕๐๐
พ.ศ. ๒๕๑๒ นายวิเชียร หาญธงชัย ครูใหญ่เห็นว่าอาคารเรียนทรุดโทรมมาก จึงขอเงินงบประมาณซ่อมแซมหลังคา พื้น ฝา และอื่น ๆ จัดซ่อมแซมแล้วเสร็จตามโครงการ
พ.ศ. ๒๕๒๐ นายประเทือง แสงศิลา ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ ได้งบประมาณค่าที่ดินและสิ่งก่อสร้าง จำนวน ๑๔๐,๐๐๐ บาท เพื่อสร้างอาคารเรียนแบบ ป.๑ ช จำนวน ๑ ชั้น ๓ ห้องเรียน
๑ หลัง
พ.ศ. ๒๕๒๔ ได้งบประมาณต่อเติมชั้นล่าง อาคารแบบ ป.๑ ช จำนวน ๓ ห้องเรียน
พ.ศ. ๒๕๒๗ ได้งบประมาณ ๘๐๐,๐๐๐ บาท เพื่อสร้างอาคารอเนกประสงค์ แบบ สปช.๒๐๕ จนแล้วเสร็จและได้รับงบประมาณ ๖๐๐,๐๐๐ บาท เพื่อสร้างอาคารเรียน แบบ สปช.๑๐๕/๒๖ จำนวน ๑ ชั้น ๓ ห้องเรียน จำนวน ๑ หลัง
พ.ศ. ๒๕๒๘ ได้รับงบประมาณ ๗๘๐,๐๐๐ บาทเพื่อสร้างอาคารเรียนแบบ สปช.๑๐๕/๒๙ จำนวน ๒ ชั้น ๖ ห้องเรียน จำนวน ๑ หลัง และได้รับงบประมาณ ๒๐,๐๐๐ บาท เพื่อสร้างเรือนเพาะชำแบบ พ.๑ จำนวน ๑ หลัง
พ.ศ. ๒๕๓๑ ได้รับงบประมาณ ๓๕,๐๐๐ บาท เพื่อสร้างถังซีเมนต์ แบบ ฝ.๓๓ จำนวน ๑ ที่
พ.ศ. ๒๕๓๕ ได้รับงบประมาณ ๔๔๐,๐๐๐ บาท เพื่อสร้างบ้านพักครู แบบ สปช.๓๐๓/๒๙ จำนวน ๑ หลัง และได้งบประมาณ ๑,๔๙๒,๐๐๐ บาท เพื่อสร้างอาคารเรียนแบบ สปช.๑๐๕/๒๙ จำนวน ๒ ชั้น ๖ ห้องเรียน จำนวน ๑ หลัง
เมื่อวันที่ ๑๗ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๓๔ เปิดสอนขยายโอกาสทางการศึกษา ทำการสอนตั้งแต่ระดับก่อนประถมศึกษา จนถึงระดับมัธยมศึกษาตอนต้น มีหมู่บ้านในเขตบริการ ๓ หมู่บ้าน ได้แก่บ้านนาทราย หมู่ ๑ บ้านน้ำรอด หมู่ที่ ๒ บ้านนาทรายศรีวิไล หมู่ที่ ๙
ปรัชญาโรงเรียน
สุวิชาโน ภวํ โหติ ? ผู้รู้ดี เป็นผู้เจริญ ?
คำขวัญโรงเรียน
เรียนดี มีวินัย ใฝ่ศึกษา กีฬาเด่น เป็นประชาธิปไตย
