Prie Rausvės upelio įsikūręs Keturvalakių miestelis. Pirmą kartą Keturvalakių vardas buvo paminėtas 1613 metais. Remiantis istoriniais šaltiniais, pirmoji mokykla miestelyje įkurta 1787 m. Tai buvo prie bažnyčios atidaryta parapinė mokykla, kurioje mokėsi 8 mokiniai: 2 šlėktų, 2 miestiečių, 4 valstiečių vaikai. Po 8 metų ši mokykla buvo uždaryta. 1872 m. veikė valdinė mokykla. 1873 m. žiemą joje m
okėsi 30 mokinių, o vasarą - 10 mokinių. Vėliau ir ši mokykla buvo uždaryta. 1878 m. pastačius mokyklą, mokytoju joje dirbo J. Vencius, Keturvalakiuose išdirbęs 40 metų. Tuo metu mokiniams buvo uždrausta kalbėtis lietuviškai, o turėtą lietuvišką spaudą mokytojas slėpdavo šiaudiniame mokyklos stoge. 1895 m. Toliau mokykla glaudėsi V. Palioko name. 1949-1960 m. pradėjo veikti septynmetė mokykla. 1960-1961 m. m. ši mokykla išaugo į aštuonmetę, o nuo 1988 m. iki 1994 m. buvo vadinama devynmete mokykla, kuri vėliau tapo (1994-1995 m.m.) Keturvalakių pagrindine mokykla. Po nepriklausomybės atgavimo, prasidėjus gyventojų migracijai, vietinių mokytojų gretas papildė mokytojai iš Marijampolės miesto. Kadangi susisiekimas su Marijampole pagerėjo, Keturvalakių mokyklos mokiniai tęsė mokslą Marijampolės mokyklose.
2001-2002 m. m. ūkininkų pagalba prie mokyklos buvo įruoštas mokyklos stadionas. Prasidėjo mokyklos dalinė renovacija. Daug pokyčių įvyko ugdymo procese. Prasidėjo ankstyvasis užsienio kalbų mokymas nuo 2-os klasės, pradėjo veikti priešmokyklinio ugdymo grupė. 2005 m. mokykloje įruošta kompiuterių klasė. Nuo 2005 m. mokykla tampa finansiškai savarankiška. Nuo 2013 m. rugsėjo 1 d. pertvarkyta mokyklos vidaus struktūra pakeičiant mokyklos tipą – iš pagrindinės mokyklos į pagrindinės mokyklos tipo mokyklą-daugiafunkcį centrą ir pradėta vykdyti naujas švietimo veiklos rūšis: ikimokyklinis ugdymas, sportinis rekreacinis švietimas, kultūrinis švietimas, kitas švietimas. Pakeistas Vilkaviškio rajono Keturvalakių pagrindinės mokyklos pavadinimas į Vilkaviškio r. Keturvalakių mokykla-daugiafunkcis centras. Patvirtinti Vilkaviškio r. Keturvalakių mokyklos-daugiafunkcio centro nuostatai.