המכון למצוינות בהומניסטיקה מבקש להשפיע על דמותה הערכית-מוסרית של החברה במדינת ישראל באמצעות קידום הוראת מקצועות ההומניסטיקה מתוך תפיסה הומניסטית ליברלית במערכת החינוך .
המונח "מצוינות" במערכת החינוך הישראלית משמש היום שם נרדף לטיפוח תלמידים בתחומי המדעים המדויקים: מתמטיקה, ביולוגיה, פיזיקה, כימיה ואחרים. מקצועות אלה נלמדים בהיקף שעות נרחב בחטיבה העליונה ומגובים בשלל תכניות מצוינות כבר מהגיל הרך: חוגי מדע, תכניות למצוינים ומחוננים, מחנות בינלאומיים ומבחר תחרויות המצאה וחשיבה טכנולוגיות. לעומת זאת, מונח זה נעדר כמעט לחלוטין מהוראת מקצועות ההומניסטיקה במדינת ישראל, ולרוב אין כל השקעה מיוחדת במקצועות: היסטוריה, ספרות, תנ"ך, אזרחות, פילוסופיה ומחשבת ישראל.
בפני מערכת החינוך בישראל ניצב האתגר להעמיד דור של תלמידים שיהיו גם יזמים טכנולוגים ומדענים מן השורה הראשונה, וגם אזרחים משכילים, ערכיים, אכפתיים ומעורבים. על כן מבקש המכון למצוינות בהומניסטיקה לפעול לחיזוק מהותה, דמותה וערכיה של מדינת ישראל הציונית ברוח מגילת העצמאות מדינה שכל אזרחיה שווים וערכיה מגלמים סובלנות, פתיחות, נאורות והגינות.
