Pada tanggal 1 Februari 1946, berdirilah SMP di Kebumen milik Komite Nasional Indonesia (KNI), untuk menampung pelarian murid-murid SMP dari Bandung dan Jakarta ; korban Agresi Belanda I yang berlokasi di belakang rumah dinas/wisma Pemda (sekarang). Dari KNI dioper Kabupaten, selanjutnya Karesidenan, dan kemudian diserahkan ke Departemen (yang pada waktu itu Ibu Kota Negara Republik Indonesia di Y
ogyakarta), mendapat nomor urut 13 se-Indonesia. SMP yang semula berada di belakang Wisma Pemda Kabupaten Kebumen, karena kondisi ruangan yang tidak mendukung, maka sekolah pindah ke SMP Masehi (sebelah Tugu Lawet). Dari lokasi SMP Masehi, karena gawatnya perang,Pemerintah Daerah Kabupaten Kebumen mengungsi ke Prembun.SMP juga ikut pindah ke Prembun tepatnya di SR/Sekolah Rakyat Kabekelan. Tak lama kemudian kembali ke Kebumen.Tetapi karena tanggal 19 Desember 1948 Agresi Militer Belanda II bubar. Berdirilah SMP darurat di Jeruk Agung-Klirong dan Sangubanyu-Buluspesantren, yang sebagian besar muridnya sama dengan SMP yang bubar tersebut. Setelah Belanda dinyatakan kalah perang, SMP kembali ke kota Kebumen bertempat di ST (sekarang SMP Negeri 7 Kebumen) dengan membawa tempat duduk dan meja sendiri-sendiri, yang administrasi pendaftarannya pun asal masuk.Di lokasi ST tahun 1952, SMP kembali ke tempat di lokasi semula, menempati 3 (tiga) ruang yang telah direhab, yang hingga kini masih berdiri megah sebagai saksi bisu yang tidak (mungkin)dilupakan.SMP Negeri Kebumen yang bernomor 13 se-Indonesia tersebut luasnya meliputi batas timur jalan sekolah, selatan sungai kecil Jamenggala, barat sungai kecil berbatasan dengan Kabupaten dan utara jalan Merdeka yang sekarang jalan Mayjend.Soetoyo. Pada tanggal 1 Agustus 1960, berdirilah SMP baru integrasi SGB (sekolah Guru B) sebagai SMP Negeri 2, kemudian pada tanggal 1 agustus 1963, karena SMP Negeri 1 Kebumen dipandang terlalu luas, maka berdasarkan SK Menteri P&K tanggal 14 Agustus 1963 Nomor 165/B.III, yang pada waktu itu dikepalai oleh Bapak H.Suradi Hardjowarsito dipecah menjadi SMP Negeri 1 Kebumen dan SMP Negeri 3 Kebumen sampai sekarang. Bertolak dari embrio timbul tenggelam yang dibarengi dengan semangat juang yang tidak kenal menyerah itulah, maka SMP yang lahir di tengah-tengah kesulitan perjuangan, patut kita peringati hari jadinya, tanggal 1 Agustus 1963 dengan Kepala Sekolah Bapak Samingan Hadiwidjaja. Bapak Sudarto;
4. Bapak Sunarjo Yudodihardjo;
5. Bapak Mohamad Sudarman;
6. Ibu Sugini;
7. Bapak Suharno;
8. Bapak Supomo;
9. Bapak Marsum Abdul Kadir;
10. Bapak Romelan Surjo Hadisaputro;
11. Bapak Chr. Gun Paimonna;
12. Bapak M.Suhud;
13. Bapak Sukojo; dan
14. Ibu Sri Martini. diolah dari: Arsip Sejarah SMP Negeri 1 Kebumen, Arsip Sejarah SMP Negeri 3 Kebumen, Arsip Sejarah Kebumen oleh Bapak Suwarno Putro)
KEPALA-KEPALA SEKOLAH YANG PERNAH MENJABAT
1. Tahun 1963 s.d 1964 Bapak Samingan Hadiwidjaja;Tahun 1964,
2. Tahun 1964 Bapak Sudarsono;Tahun 1964 s.d 1965;
3. Tahun 1964 s.d 1965 Bapak Sudjati Prajitno;
4. Tahun 1966 s.d 1971Bapak Bachroen, B.A;
5. Tahun 1971 Ibu Pudji Aswari;
6. Tahun 1972 s.d 1982 Bapak Parwondo;
7. Tahun 1974, SMP Negeri 3 Kebumen mendapat predikat SMP Perintis berdasarkan SP No. 209/C.2 /Pen/74 tanggal 2 Mei 1974;
8. Tahun 1982 s.d 1989 Kepala Sekolah Bapak Soekirman;
9. Tahun 1989 s.d 1992 Kepala Sekolah Bapak Soekadi;
10. Tahun 1992 s.d 1998 Kepala Sekolah Bapak Drs. Subiyanto;
11. Tahun 1998 s.d 2003 Kepala Sekolah Bapak Drs. Djoko Waluyo;
12. Tahun 2003 PLT Kepala Sekolah Bapak Drs. Sukimin.Pada 1 Agustus 2003, di bawah kepemimpinan Bapak Drs. Sukimin, melalui sarasehan, di SMP Negeri 3 Kebumen terjadi perubahan pengelolaan system oleh Bapak Ibu Guru dan Karyawan SMP Negeri 3 Kebumen.; Semua pengelola sekolah, mulai dari Wakil Kepala Sekolah, Kepala Urusan, Koordinator, dan Bendahara dipilih dari dan oleh Guru dan Karyawan SMP Negeri 3 Kebumen;
13. Tahun 2003 s.d 2007 Kepala Sekolah Bapak Susan Supadi, S.Pd.
14. Tahun 2005, dengan Surat Keputusan Direktur Pendidikan Lanjutan Pertama Direktorat Jendral Pendidikan Dasar dan Menengah Departemen Pendidikan Nasional dengan Nomor 960/C3/Kp/2005 tanggal 19 Juli 2005 ditetapkan sebagai Sekolah Pertama Standar Nasional Tahun Anggaran 2005, dengan tanggung jawab sebagai berikut:
a. Penanggung Jawab Sekolah; Susan Supadi, S.Pd
b. Penanggung Jawab Program; Drs.H. Bambang Widadi
c. Bendahara Program; Suhartati
d. Pembantu Bendahara; Endang Parwati WH, S.Pd
e. Penanggung Jawab Sasaran; Rochmat, Slamet Raharjo, Sri Marhaeningsih, S.Pd, Soepono, S.Pd ,Akhmad Fojani, S.Pd, Sukardjo, S.Pd, Drs. Agus Susilo Wuryanto, Maryati, S.Pd, Wahyudi, S.Pd, J. Tarmudji, S.Pd, Santoso
15. Tanggal 19 Desember 2007 s.d sekarang Kepala Sekolah Bapak Drs.H Robani Mb. SK Bupati No. 821.2/07/KEP/2007 tertanggal 10 Januari 2008. Berdasarkan Surat Keputusan Direktur Pembinaan Sekolah Menengah Pertama Direktorat Jendral Manajemen Pendidikan Dasar dan Menengah Departemen Pendidikan Nasional No. 230/C3/Kep/2008 tentang Penetapan Sekolah Menengah Pertama Negeri 3 Kebumen sebagai Rintisan Sekolah Bertaraf Internasional tanggal 8 Februari 2008. Susunan TIM Rintisan Sekolah Bertaraf Internasional SMP Negeri 3 Kebumen berdasarkan SK Kepala SMP Negeri 3 Kebumen No. 421/710.a/2007
a. Penanggung Jawab:Kepala Sekolah (Drs.H.Robani Mb.,M.Pd)
b. Penanggung Jawab Program: Drs. Sekretaris: Wahyudi, s.Pd, Slamet Raharjo
d. Bendahara: Suhartati, Endang PWH, S.Pd
e. Anggota: Sri Marhaeningsih,S.Pd, Santoso, Purwono Setyo Budi, S.Pd, Rochmat (Wakasek), J. Tarmudji, S.Pd, Maryati, S.Pd, Dra. Atika Hanung, Suwarno Putro, Drs. Agus Susilo Wuryanto
Sejak 2 Februari 2011 Kepala SMP Negeri 3 Kebumen adalah beliau Bapak SARDI, S.Pd, M.M.Pd
Per 1 Januari 2013 Kepala Sekolah digantikan oleh Beliau Bapak Martiyono, S.Pd.,M.Pd .
